23 сентября 1999 года указом президента #1255 была образована объединенная группировка войск (сил) по проведению контртеррористических операций на территории Северо-Кавказского региона РФ (ОГВ). Ее возглавил командующий войсками Северо-Кавказского военного округа генерал-полковник Виктор Казанцев.
14 апреля 2000 года указом президента командующим объединенной группировкой федеральных сил назначен генерал-полковник Геннадий Трошев, до этого бывший заместителем командующего ОГВ. Тогда же ОГВ перешла в прямое подчинение Генерального штаба. Официально о назначении было сообщено только 21 апреля. В мае Виктор Казанцев назначен полномочным представителем президента РФ в Южном федеральном округе, а Геннадий Трошев — командующим войсками СКВО.14 июля 2000 года было объявлено, что исполняющим обязанности командующего ОГВ стал заместитель командующего Северо-Кавказским военным округом генерал-лейтенант Валерий Баранов. В сентябре 2000 года Валерий Баранов стал командующим ОГВ.
15 мая 2001 года было объявлено, что вместо Валерия Баранова, который отправился в очередной отпуск, ОГВ вновь возглавил Геннадий Трошев. Но в действительности исполняющим обязанности командующего стал заместитель командующего СКВО по чрезвычайным ситуациям генерал-лейтенант Молтенской. 2 августа 2001 года Владимира Молтенского вновь сменил вернувшийся из отпуска генерал Баранов.
5 октября 2001 года командующим ОГВ назначен генерал-лейтенант Владимир Молтенской. Валерий Баранов вернулся на должность заместителя командующего Северо-Кавказским военным округом.
25 сентября 2002 года генерал-полковник Владимир Молтенской назначен заместителем главнокомандующего сухопутными войсками. 22 октября 2002 года начальник Генштаба Анатолий Квашнин представил в качестве нового командующего группировкой командующего 20-й армией Московского военного округа генерал-лейтенанта Сергея Макарова.