По данным СП, уровень исполнения расходов на нацпроекты и комплексного плана развития инфраструктуры, КПРИ (91,4%), был на 2,8 процентного пункта ниже среднего уровня исполнения расходов бюджета (94,2%). Объем неисполненных назначений составил 149,8 млрд руб., или 8,6%. На низком уровне (менее 90%) исполнены расходы по нацпроектам «Экология», «Цифровая экономика», «Производительность труда и поддержка занятости», «Международная кооперация и экспорт» и КПРИ. Расходы на госзакупки в рамках нацпроектов были еще ниже — 87,5% сводной росписи, на предоставление межбюджетных трансфертов бюджетам субъектов РФ — 89,2%.
Несмотря на некоторый количественный прогресс в исполнении Федеральной адресной инвестиционной программы (ФАИП) — на нее раскассировано 643,3 млрд руб., или на 6,4%, больше, чем за 2018 год,— уровень ее финансирования составил лишь 76% от плана, «что является самым низким показателем за 16 лет», отмечают в СП. На 1 января 2020 года в эксплуатацию было введено 148 из 315 объектов ФАИП, или лишь 47% объектов, подлежавших вводу в 2019 году (за 2018 год — 42,6%).
Анализ же СП кассового исполнения бюджетных ассигнований на осуществление взносов в уставные капиталы госкомпаний и госкорпораций (211 млрд руб. в 2019 году) показывает — его уровень составил 100% по почти всем ГРБС, за заметным отставанием Минэкономики (76,9%, из-за 1,5 млрд руб., не перечисленных ГК «Российская венчурная компания»). Однако аналитическая записка содержит два противоречивых замечания: с одной стороны, «предоставление главными распорядителями бюджетных средств взносов в уставные капиталы АО в конце года не обеспечивает их своевременное и результативное использование», говорится в документе; с другой — СП сетует, что «значительные объемы средств», выделенные госкомпаниям и корпорациям ранее, «используются не в полном объеме и размещаются на депозитах и счетах в кредитных организациях» — общий объем таких средств оценивается СП в 184 млрд руб. (против 140 млрд руб. годом ранее), их депозитные доходы — в 8,4 млрд руб. (против 6 млрд руб. в 2018 году).
Претензии СП к позднему выделению средств распространяются и на субсидии юрлицам: всего за 2019 год расходы на эти цели исполнены в сумме 856,0 млрд руб., или 93%, однако 206,4 млрд руб., или 24,1% из них пришлись на декабрь, только 31 декабря было раскассировано 11,2 млрд руб., в том числе — 2 млрд руб. на «осуществление отбора и поддержки программ деятельности лидирующих исследовательских центров, реализуемых российскими организациями в целях обеспечения разработки и реализации "дорожных карт" по направлениям развития сквозных цифровых технологий». Объем же неисполненных расходов на предоставление субсидий составил 64,4 млрд руб., или 7%,— на 60% выше показателя 2018 года.
В части имущественных взносов госкорпорациям, госкомпаниям и публично-правовым компаниям ситуация еще хуже — их исполнение аудиторы оценивают в 87%, недофинансирование составило 49,7 млрд руб. из 369 млрд руб. Так, Фонд защиты дольщиков не получил 35 млрд руб., ППК «Российский экологический оператор» — 10,7 млрд руб. По мнению СП, это «свидетельствует о недостаточном качестве планирования» — так, «в связи с поздним утверждением» постановления правительства от 20 декабря 2019 года №1727 Минприроды «не освоены в полном объеме бюджетные ассигнования на финансирование проектов по обработке и утилизации твердых коммунальных отходов в сумме 10,1 млрд руб.».