Церковный раскол, произошедший в результате реформы Никона,— один из самых известных в российской истории, однако не единственный. Помимо него в Русской церкви возникали и другие внутренние конфликты.
Спор стяжателей и нестяжателей в начале XVI столетия стал первым серьезным разногласием в среде русского духовенства. Разность позиций была отражена в документах о Поместном соборе Русской Церкви 1503 года. Острая полемика велась по поводу церковного имущества, отношения к еретикам. Нестяжатели (сторонники Нила Сорского) призывали по возможности отказываться от какого-либо имущества. Иосифляне (последователи Иосифа Волоцкого) ратовали за сохранение церковного имущества, владения землей, чтобы монастыри могли заниматься просветительской и благотворительной деятельностью. Разными были взгляды и на то, как поступать с раскаявшимися еретиками: сторонники Нила Сорского были против смертного приговора, иосифляне — за. Философ Николай Бердяев считал трагедией историческую победу иосифлян, приведшую к потрясениям начала XX века.
В 1650–1660-х годах Патриарх Московский и всея Руси Никон провел ряд церковных реформ. Их целью было внести изменения в богослужебные книги и некоторые обряды для унификации с современными греческими. Противников реформы стали называть старообрядцами, они были преданы анафеме и преследовались властями. В конце XVII века из их среды выделились беспоповцы, отрицающие необходимость священства для спасения души. И сегодня старообрядческая церковь разделена по поповцев и беспоповцев. В частности, поповцы делятся на две основные группы. Это «Белокриницкое согласие — Русская православная старообрядческая церковь, ведущая начало от митрополита Амвросия (Паппа-Георгополи), перешедшего в 1846 году из Константинопольского патриархата в старообрядчество и основавшего ее иерархию. Получила название по селу Белая Криница на Северной Буковине, ставшему архиерейской кафедрой митрополита Амвросия и его преемников. И «Новозыбковское согласие» (Русская древлеправославная церковь, основу которой составили беглопоповцы, принимавшие священство, переходящее от новообрядческой церкви и не признавшие белокриницкой иерархии. Названа по месту расположения главного кафедрального Спасо-Преображенского собора в Новозыбкове).
В мае 1922 года при поддержке советской власти группа православного духовенства «Живая церковь» попыталась отстранить от управления Русской церковью Патриарха Тихона, популярного среди духовенства и в народе. Движение получило название «Обновленчества», оно поддерживало советскую власть и ее репрессивные методы (ГПУ/ОГПУ/НКВД), фактическое уничтожение патриаршества в стране (Патриарх Тихон был арестован). Также «обновленцы» выступали за проведение церковных реформ: упрощение и перевод на русский язык богослужения, выборность духовенства, предлагалось разрешить епископам жениться, а духовенству —– второй брак. Освобождение Патриарха Тихона из заключения в 1923 году лишило «обновленцев» поддержки духовенства. В 1935 году органы управления «обновленцев» были распущены.
Еще одна попытка ослабить Русскую православную церковь и Патриарха Тихона была предпринята ОГПУ и так называемым «Григорианским расколом». Раскол был инициирован группой из девяти иерархов Русской церкви во главе с архиепископом Свердловским и Ирбитским Григорием (Яцковским), собравшихся 22 декабря 1925 года в московском Донском монастыре. Григориане считали, что правила «соборности» попраны. Для исправления ситуации был организован Временный высший церковный совет (ВВЦС). В 1926 году митрополит Сергий наложил на Григория и всех архиереев, принявших участие в организации ВВЦС, запрещение в священнослужении и отстранил их от управления епархиями. В ходе массовых репрессий 1930-х годов «Григорианский раскол» прекратил свое существование, а оставшиеся иерархи принесли покаяние.
В 1920-е годы часть православных служителей не примкнула к обновленцам и не пошла на компромисс с большевиками. После того, как в 1927 году тогдашний фактический руководитель Русской православной церкви (с 1943 года — Патриарх) Сергий обнародовал декларацию, провозглашавшую лояльность Церкви к советской власти, они отказались поминать его имя за богослужением, получив неофициальное название «непоминающие». Репрессии 1930-х годов почти полностью уничтожили сторонников «непоминающих», некоторые последователи движения воссоединилась с Русской православной церковью.
В годы Гражданской войны часть клира Русской православной церкви эмигрировала и фактически была отрезана от родины. В сложившихся условиях Патриарх Тихон признал каноничным существование новой структуры, которая впоследствии получила название Русской православной церкви заграницей (РПЦЗ). Декларация патриаршего местоблюстителя Сергия 1927 года вызвала негативную реакцию РПЦЗ, что привело к разрыву отношений. «Зарубежники» непримиримо относились к СССР и, соответственно, к РПЦ. Основная часть приходов находится в США — 153 прихода и 12 монастырей; всего — 409 (на 2013 год), 39 монашеских общин (на 2013 год). 17 мая 2007 года был подписан акт о каноническом общении, и РПЦЗ вошла в состав РПЦ на правах самоуправляемой церкви.