Разрешение конфликта МВД и Москвы. 25 июня 2001 года главой ГУВД Москвы стал Владимир Пронин, кандидатура которого была согласована с мэром Юрием Лужковым. Тем самым завершился конфликт МВД и Москвы, начавшийся с увольнения 2 декабря 1999 года начальника московской милиции Николая Куликова.
Ликвидация РУБОПов. 8 августа 2001 года Борис Грызлов подписал приказ о расформировании РУБОПов, взамен создав оперативно-разыскные бюро при ГУВД по федеральным округам. Спецотряды быстрого реагирования, создававшиеся в рамках РУБОПов, переименованы в отряды милиции спецназначения и также перешли в подчинение федеральным округам.Введение миграционных карт. 26 февраля 2002 года при МВД создана Федеральная миграционная служба. 22 ноября 2002 года всем лицам, временно пребывающим на территорию России, начата выдача миграционных карт.
Завоевание старшим лейтенантом МВД Оксаной Федоровой титула "Мисс Вселенная". Первым 30 мая 2002 года ее поздравил Борис Грызлов. 23 сентября госпожа Федорова отказалась от титула "Мисс Вселенная", но получила звание капитана МВД.
Создание министерства внутренних дел Чечни. Приказ Борис Грызлов подписал 10 ноября 2002 года.
Передача руководства контртеррористической операцией в Чечне от ФСБ к МВД с 1 сентября 2003 года. Осуществлена в соответствии с указом президента от 1 июля 2003 года.
Передача функций налоговой полиции МВД. Указом президента РФ от 11 марта 2003 года Федеральная служба налоговой полиции упразднена. В центральном аппарате МВД образована федеральная служба по экономическим и налоговым преступлениям. 6 октября 2003 года Борис Грызлов сообщил об успехах службы: завершении расследования дел по отмыванию денег сотрудниками Содбизнесбанка и банка "Евротраст".
"Чистка" рядов МВД. 25 марта 2003 года Борис Грызлов сообщил, что 135 генералов написали в его кабинете заявления об отставке "в связи со своим поведением, не соответствующим понятию статуса работника милиции". 7 мая 2003 года смещен с поста глава МВД Калмыкии Тимофей Сасыков, обвиненный в незаконном распределении квартир среди милиционеров. 23 июня 2003 года задержана первая банда "оборотней в погонах" — высокопоставленных сотрудников МУРа, обвиненных в вымогательстве и других должностных преступлениях.
Мусульманские паспорта. 2 июня 2003 года Борис Грызлов своим приказом разрешил мусульманкам фотографироваться на паспорта в головных уборах.
Разгул терроризма. 23 октября 2002 года в Москве группа Мовсара Бараева захватила театральный центр на Дубровке — погибли 129 заложников; 27 декабря смертники взорвали дом правительства Чечни — погибли 72 человека; 5 июля 2003 года шахидки подорвались на фестивале в Тушине — 15 погибших.
Победа "Единой России" на выборах в Госдуму. Борис Грызлов возглавил партию 20 ноября 2002 года. 7 декабря на выборах "Единую Россию" поддержали 37,57% избирателей.