1 декабря 2000 года перед Верховным судом Дагестана предстали обвиняемые в причастности к взрыву жилого дома в Буйнакске Иса Зайнутдинов, Алисултан Салихов, Абдулкадыр Абдулкадыров, Магомед Магомедов, Зайнутдин Зайнутдинов и Махач Абдусамедов. 19 марта 2001 года суд приговорил Ису Зайнутдинова и Салихова к пожизненному заключению как организаторов и исполнителей теракта, двое соучастников, Абдулкадыров и Магомедов, получили по девять лет тюрьмы. Другие двое, Зайнутдинов и Абдусамедов, получили по три года, но попали под амнистию и были освобождены в зале суда.
Еще один пособник террористов, Зиявудин Зиявудинов, объявленный в розыск 23 мая 2001 года, был доставлен из Казахстана в Россию. 9 апреля 2002 года Верховный суд Дагестана приговорил его к 24 годам тюрьмы.
10 июля 2001 года в Ставропольском краевом суде начался процесс над Муратби Байрамуковым, Асланом и Муратом Бастановыми, Муратби Туганбаевым и Тайканом Французовым, обвиняемыми в причастности к взрывам жилых домов в Москве и Волгодонске. Все они являлись участниками ваххабитской организации "Мусульманское общество #3", созданной террористом Ачимезом Гочияевым при финансовой поддержке различных исламских центров через другого лидера террористов — Хаттаба. Причастность подсудимых к взрывам домов доказана не была. За участие в незаконных вооруженных формированиях, подготовку терактов, изготовление взрывчатки и ношение оружия 14 ноября суд приговорил Бастановых и Туганбаева к 15 годам тюрьмы. Французов получил 13,5 лет, а Байрамуков — 9 лет.
