Алексей Ильюшенко назначен главой управления 19 марта 1993 года. 26 февраля 1994 года назначен президентом Борисом Ельциным и. о. генпрокурора РФ. Назначение на пост генпрокурора не было поддержано Советом федерации. 8 октября 1995 года освобожден от должности по собственной просьбе. 4 ноября 1995 года уволен из прокуратуры "в связи с уходом на пенсию по выслуге лет". 15 февраля 1996 года по обвинению в злоупотреблении должностными полномочиями и получении взятки арестован и помещен в "Лефортово". 15 февраля 1998 года освобожден под подписку. 11 мая 2001 года дело закрыто за отсутствием состава преступления. 9 августа 2001 года назначен первым замглавы департамента природопользования и охраны окружающей среды мэрии Москвы. 27 марта 2003 года назначен первым замглавы департамента имущественных и земельных отношений правительства Москвы.
Владимир Зайцев возглавлял управление с 24 февраля 1994 года в качестве исполняющего обязанности. 28 января 1995 года назначен руководителем управления. Освобожден от должности 14 февраля 1996 года. С 1996 года работал начальником правового управления ОАО "АК 'Транснефть'".Алексей Кудрин назначен главой управления 1 августа 1996 года. С марта 1997 года по май 2000 года — первый замминистра финансов РФ. 22 января 1999 года назначен первым зампредом правления РАО "ЕЭС России". 18 мая 2000 года возглавил Минфин РФ.
Владимир Путин назначен главой управления 26 марта 1997 года. С мая 1998 года — первый замглавы администрации президента. В июле 1998 года перешел на должность директора ФСБ. 29 марта 1999 года назначен секретарем Совбеза РФ, сохранив пост директора ФСБ. 16 августа 1999 года утвержден премьер-министром. 31 декабря 1999 года после сложения полномочий Борисом Ельциным стал и. о. президента России. 26 марта 2000 года выиграл президентские выборы.
Николай Патрушев возглавил управление 1 июня 1998 года. С октября 1998 года — руководитель департамента экономической безопасности ФСБ. 16 апреля 1999 года назначен первым замдиректора ФСБ. С 9 августа 1999 года — и. о. директора ФСБ, c 17 августа 1999 года — директор ФСБ. В июле 2001 года получил воинское звание генерала армии.