Создан в 2011 году оппозиционером Алексеем Навальным. Является некоммерческой организацией. Как указано на сайте ФБК, фонд занимается «расследованием, раскрытием и пресечением коррупционных правонарушений в высших органах власти», а источником его финансирования являются пожертвования сторонников. В штате работает около 30 человек. Сотрудники и волонтеры фонда обеспечивают работу проектов «РосЖКХ» и «Росяма» (решение проблем с коммунальными службами и борьба с ямами на дорогах), «Роспил» (обнародование незаконных схем при расходовании бюджетных средств). Среди громких расследований фонда — фильм «Он вам не Димон» (2017) о предполагаемых активах тогдашнего премьер-министра Дмитрия Медведева, документальный фильм «Чайка» (2015) о деятельности сыновей и коллег бывшего генпрокурора Юрия Чайки и другие. Фигуранты расследований отрицали изложенные в них выводы.
Директором фонда с 2014 года был Роман Рубанов, с декабря 2018 года фонд возглавляет Иван Жданов. Исполнительный директор фонда с февраля 2012 года — Владимир Ашурков. В феврале 2019 года Роман Рубанов был объявлен в международный розыск по уголовному делу о неисполнении вступившего в силу решения суда (ст. 315 УК РФ) после публикации фильма «Он вам не Димон», фрагменты которого были признаны не соответствующими действительности. В феврале 2020 года по такому же делу стал обвиняемым Иван Жданов. Господин Ашурков в 2015 году получил политическое убежище в Великобритании, в России в его отношении возбуждено дело о мошенничестве. За время работы Фонда борьбы с коррупцией (ФБК) в его офисах и квартирах сотрудников неоднократно проходили обыски. 9 октября 2019 года Минюст России внес ФБК в список иностранных агентов.