В октября 2001 года на заседании Счетной палаты Сергей Рябухин представил итоги аудиторской проверки Калининградской области. Было установлено, что область задолжала федеральному бюджету около 650 млн руб. Вина была возложена на бывшего губернатора области Леонида Горбенко.
29 июня 2001 года Владимир Пансков представил результаты проверки компании АЛРОСА, которая показала, что за три года компания недоплатила бюджетам всех уровней 4,1 млрд руб. Но уже 6 июля Владимир Пансков объявил, что палата не имеет претензий к АЛРОСА, и "вся проблема в том, что власти республики нарушали законодательство".18 января 2002 года Счетная палата сообщила о выявленных комиссией Сергея Рябухина нарушениях при восстанавлении жилья после наводнения в Ленске — расходы на строительство были превышены на 249,8 млн руб. Однако еще до того были возбуждены более 100 уголовных дел по итогам аналогичных проверок Генпрокуратуры и ОБЭП местного ГУВД.
26 апреля 2002 года Сергей Рябухин сообщил о выявлении Счетной палатой в ходе проверки в Чечне нецелевых расходов на 711 млн руб. Меры по устранению нарушений были приняты на правительственном уровне до окончания проверки.
12 мая 2003 года Владимир Пансков на заседании комиссии Совета федерации по взаимодействию со Счетной палатой сообщил, что компании "Сибнефть" и "Роснефть" уклонялись от уплаты налогов, но признал, что их действия оставались в рамках закона.
9 июня 2003 года стали известны итоги проверки Счетной палатой расходования средств, выделенных на празднование 300-летия Санкт-Петербурга. По словам Сергея Рябухина, подписавшего итоговый документ, серьезных нарушений зафиксировано не было.