Работал в Центральном институте научно-технической информации Министерства обороны СССР. В 1989-1992 годах был сотрудником Всесоюзного научно-исследовательского конъюнктурного института Министерства внешних экономических связей СССР, где познакомился с будущим главой администрации президента РФ Александром Волошиным.
С 1992 года работал в различных компаниях под руководством господина Волошина: руководитель проектов АОЗТ "Анализ, консультации и маркетинг", директор по фондовым операциям брокерской компании "Эста-корп". В 1995 году господа Волошин и Малин вошли в число учредителей ЗАО АСМК (оба имели по 10% акций, всего акционерами фирмы были 14 физических лиц).В 1995 году господин Волошин стал директором ОАО "Федеральная фондовая корпорация" (ФФК) и взял с собой Владимира Малина, который занял пост директора по фондовым операциям и управлению финансами, первого вице-президента ФФК.
В 1996 году Владимир Малин был сопредседателем оргкомитета Московской фондовой биржи. В марте 1996 года назначен начальником управления по продаже ценных бумаг, заместителем председателя Российского фонда федерального имущества (РФФИ). С 1997 года — первый зампред РФФИ. В том же году возглавлял конкурсные комиссии по продаже акций "Связьинвеста" и Восточной нефтяной компании. Представлял государство в советах директоров "Связьинвеста", Тюменской нефтяной компании, "Газпрома". Работал в РФФИ под руководством Владимира Соколова (председатель РФФИ с ноября 1993 по январь 1997 года, в настоящее время — гендиректор карельской некоммерческой организации "Фонд экологии человека"), Игоря Липкина (руководил РФФИ с марта 1997 по сентябрь 1998 года, сейчас — исполнительный директор Российского союза саморегулируемых организаций арбитражных управляющих), Игоря Шувалова (возглавлял РФФИ с сентября 1998 по май 2000 года, в настоящее время — замруководителя администрации президента РФ).
24 мая 2000 году Владимир Малин назначен председателем РФФИ. На этом посту входил в советы директоров "Газпрома", АРКО, ЛУКОЙЛа, "Связьинвеста", "Совкомфлота", "Роснефти".
Кандидат экономических наук.