10 октября 2003 года Омский завод транспортного машиностроения обратился в арбитражный суд области с иском против РФФИ. По мнению истцов, РФФИ незаконно продал арестованное имущество завода, находящегося в стадии банкротства.
4 февраля 2003 года суд Хасавюрта оштрафовал Владимира Малина на 20 тыс. руб. за неуважение к решению суда при проведении 18 декабря 2002 года аукциона по продаже госпакета акций "Славнефти". Тогда РФФИ отстранил от аукциона аффилированное с "Роснефтью" ЗАО "Финанспрофит Эксперт" вопреки решению суда от 15 декабря, предписывавшему не мешать "Финанспрофиту" участвовать в конкурсе.27 февраля 2003 года глава Минэкономразвития Герман Греф обвинил Владимира Малина в "непрозрачности торгов" при продаже 5,9% акций АО НК ЛУКОЙЛ из госпакета. 12 марта 2003 года Госдума направила запрос председателю правительства РФ Михаилу Касьянову, в котором просила разъяснить, почему $775 млн, полученные РФФИ от продажи, не поступили в бюджет. Только 8 мая средства, вырученные от продажи акций, поступили в федеральный бюджет.
27 января 2003 года комиссия Совета федерации по взаимодействию со Счетной палатой приняла решение обратиться в правительство РФ с предложением дать оценку сделке по продаже акций компании "Славнефть". По мнению сенаторов, государство недополучило около $1 млрд. Итоги аукциона не пересматривались.
4 декабря 2002 года Арбитражный суд Москвы рассмотрел жалобу Котласского ЦБК о признании незаконными действий РФФИ по реализации акций Котласского комбината, принадлежащих "Илим Палп Энтерпрайз", и установил, что в нарушение законодательства РФФИ реализовал акции предприятия путем комиссионной продажи без проведения публичных торгов. 3 февраля 2003 года апелляционная инстанция Московского арбитражного суда удовлетворила жалобу РФФИ и признала законными действия фонда.
24 декабря 2001 года Счетная палата направила главе РФФИ письмо, в котором выражала обеспокоенность в связи с предстоящей продажей Восточной нефтяной компании, назначенной на 29 декабря 2002 года, в связи с проведением ее проверки. Фонд перенес торги на 14 февраля, объяснив это "неурегулированностью порядка перечисления в бюджет средств от продажи". 4 февраля торги были отменены.