Делая политическую карьеру, Александр Жуков старался не иметь долговременных партийных привязанностей. В 1993 году он был выдвинут движением "Достоинство и милосердие" кандидатом в депутаты Госдумы по Преображенскому округу Москвы и поддержан блоком Егора Гайдара "Выбор России". Однако, победив на выборах, господин Жуков вошел в депутатскую группу "Союз 12 декабря", лидер которой, бывший вице-премьер и министр финансов Борис Федоров, нередко жестко конфликтовал с "Выбором России". "Союз 12 декабря" был весьма разнородной структурой: в группу входили как сторонники президента Ельцина, так и его противники, а также пять депутатов, избранных в Думу от ЛДПР.
В 1995 году господин Жуков баллотировался в Думу по списку движения "Вперед, Россия!", возглавляемого Борисом Федоровым. Набрав лишь 1,94% голосов, движение в Думу не попало. Александр Жуков, переизбранный в своем округе, вместе с господином Федоровым вошел в группу "Российские регионы", собранную из депутатов-одномандатников разной политической ориентации. Значительную часть группы составляли представители общественного объединения "Регионы России", которое было одним из учредителей "Блока Ивана Рыбкина". Этот блок создавался Кремлем как один из основных компонентов будущей двухпартийной системы, однако надежд не оправдал, заняв лишь 17-е место с 1,11% голосов.
Накануне думских выборов 1999 года "Регионы России" вошли в состав движения "Вся Россия", которое стало одним из учредителей блока "Отечество — Вся Россия" (ОВР). Александр Жуков получил место в центральной части списка ОВР, возглавляемого Евгением Примаковым, но снова был избран по своему одномандатному округу. И в Госдуме вошел не во фракцию ОВР, а в составленную преимущественно из депутатов-одномандатников группу "Регионы России". В декабре 2001 года "Отечество" и "Вся Россия" слились с "Единством", после чего членами объединенной "Единой России" стало большинство представителей ОВР и "Регионов России", в том числе и господин Жуков. На выборы-2003 он шел уже как член центрального политсовета партии "Единая Россия" и снова выиграл выборы в Преображенском округе Москвы.
