7 декабря 2000 года Николай Глушков был арестован и помещен в СИЗО "Матросская Тишина". Для остальных обвиняемых мерой пресечения была избрана подписка о невыезде. 11 апреля 2001 года Глушков, по версии следствия, пытался совершить побег из Гематологического научного центра РАМН, где проходил лечение, но был задержан сотрудниками ФСБ. 29 июня 2001 года по обвинению в организации попытки побега Глушкова Генпрокуратура объявила в федеральный розыск председателя совета директоров телекомпании ТВ-6 Бадри Патаркацишвили. В том же месяце третий по счету руководитель следственной бригады Михаил Андреев расширил обвинение фигурантам, добавив статью "Невозвращение из-за границы валюты" (ст. 193 УК РФ).
20 июля 2001 года Генпрокуратура объявила об окончании следствия. В августе того же года из дела "Аэрофлота" было выделено в отдельное производство дело швейцарской компании Forus, заочным обвиняемым по которому стал политэмигрант Борис Березовский.18 декабря 2001 года дело "Аэрофлота", насчитывающее 127 томов, передано в Савеловский районный суд Москвы. Слушания начались 4 июля 2002 года.