Вскоре вице-мэр Аяцков начал враждовать с губернатором Белых, вступив в союз с представителем президента в регионе Владимиром Головачевым и и. о. мэра Саратова Александром Маликовым. Стремясь упрочить свое положение, в начале 1996 года господин Аяцков вошел в совет движения "Реформы — новый курс", созданного первым спикером СФ Владимиром Шумейко. 21 февраля 1996 года Юрий Белых был уволен с поста главы администрации за "нецелевое использование средств". А 15 апреля 1996 года президент Борис Ельцин назначил Дмитрия Аяцкова главой Саратовской области. Через месяц губернатор Аяцков снял своего бывшего союзника Маликова с поста мэра.
1 сентября 1996 года Дмитрий Аяцков победил на выборах губернатора, набрав 81,36% голосов. В апреле 1997 года он вошел в президиум политсовета движения "Наш дом — Россия". В 1998 году, усомнившись в возможностях НДР, губернатор назвал его "колоссом на глиняных ногах", но затем извинился перед лидером НДР Виктором Черномырдиным. Осенью 1999 года Дмитрий Аяцков стал третьим в предвыборном списке НДР, но по итогам выборов НДР не преодолел пятипроцентный барьер. После этого господин Аяцков призвал объединить НДР и блок "Единство".26 марта 2000 года при поддержке "Единства" Дмитрий Аяцков был переизбран на пост губернатора (67,39% голосов). Его основной соперник, лидер местных коммунистов Валерий Рашкин, не был зарегистрирован кандидатом из-за обнаруженных облизбиркомом в его кампании многочисленных нарушений закона.
В мае 2000 года на учредительном съезде "Единства" губернатор Аяцков вошел в эту партию и стал членом ее высшего совета. В апреле 2001 года Дмитрий Аяцков потребовал от областных чиновников вступить в "Единство", заявив: "Кто не вступит в партию, тот не будет работать в правительстве". 10 апреля 2004 года на отчетно-выборной конференции саратовской "Единой России" Дмитрий Аяцков и несколько его сторонников лишились мест в региональном политсовете партии.