В 1996 году, после того как губернатором области стал Дмитрий Аяцков, Владимир Марон получил пост начальника управления здравоохранения администрации области (совмещал эту должность с постом ректора медицинского университета). В сентябре 1996 года назначен министром здравоохранения области. С февраля 1998 года первый заместитель председателя правительства области, курировал социальную сферу.
Считается одним из ближайших сподвижников Дмитрия Аяцкова, вторым человеком в областной власти, рассматривался как преемник губернатора (хотя никогда не заявлял о своих политических амбициях публично). В феврале 2000 года назначен вице-губернатором, первым заместителем председателя правительства области вместо уехавшего в Москву Вячеслава Володина. Весной 2000 года возглавлял избирательный штаб Дмитрия Аяцкова на выборах главы администрации. В августе 2000 года стал председателем общественной палаты при губернаторе области.В 2004 году — руководитель предвыборного штаба Владимира Путина в Саратовской области (на выборах в марте 2004 года за Владимира Путина в регионе проголосовало 70,79% избирателей).
Заслуженный врач РФ, доктор медицинских наук (тема диссертации — "Система оказания медицинской помощи больным с заболеваниями органов дыхания в Саратовской области"). Женат, супруга — врач. Двое детей.