Его преемник Юрий Болдырев в 1992-1993 годах пытался расследовать деятельность чиновников, невзирая на их ранг и "близость к телу": проверке подвергались и представители президента в регионах (четверо из них в итоге были уволены), и высокопоставленные генералы Западной группы войск (после проверки в ЗГВ господин Болдырев представил президенту документы на разжалование одного генерал-полковника, трех генерал-лейтенантов и одного генерал-майора). В конце концов эта деятельность была признана Кремлем излишне бурной, и в марте 1993 года Юрий Болдырев был уволен.
Наиболее ярко роль контрольного управления как "дубинки" для конкурентов проявилась при Алексее Ильюшенко. Новый главный контролер провел повторную проверку ЗГВ и никаких нарушений, разумеется, не нашел. Не обнаружил он криминала и в деятельности высокопоставленных чиновников, обвиненных в коррупции вице-президентом России Александром Руцким. Зато на самого вице-президента, впавшего в опалу, межведомственная комиссия с участием Алексея Ильюшенко "накопала" немало компромата. Успехи главы контрольного управления на ниве борьбы с врагами были высоко оценены президентом, который назначил господина Ильюшенко и. о. генерального прокурора.В 1994-1996 годах управлением руководил Владимир Зайцев. При нем контрольное управление из структуры администрации президента перешло в прямое президентское подчинение, однако громких проверок стало меньше. Наиболее заметной из них стала ревизия Роскомдрагмета, следствием которой стало возбуждение дела о хищении драгоценностей на сумму более $180 млн через компанию "Голден АДА".
1 августа 1996 года начальником управления был назначен Алексей Кудрин — один из ближайших соратников тогдашнего главы администрации президента Анатолия Чубайса. После этого акцент в деятельности управления сместился в сторону регионов. Одним из наиболее нашумевших дел стало расследование причин энергетического кризиса в Приморье, по результатам которого на стол президенту лег доклад с предложением предупредить приморского губернатора Евгения Наздратенко (давнего политического противника господина Чубайса) о неполном служебном соответствии.
После того как в марте 1997 года господин Кудрин ушел на повышение, став первым замминистра финансов, управление возглавил еще один "питерский" — заместитель управляющего делами президента Владимир Путин. При нем регулярно проводились масштабные проверки регионов с целью выявления нецелевого использования бюджетных средств. Ту же линию продолжил и замглавы департамента ФСБ Николай Патрушев, сменивший господина Путина 1 июня 1998 года. Правда, в Кремле он проработал всего четыре месяца, вернувшись в ФСБ на пост начальника департамента экономической безопасности.
Зато следующий глава управления, бывший замгенпрокурора Евгений Лисов, некогда прославившийся расследованием дела ГКЧП, просидел в этом кресле более пяти лет. При нем управление перешло от "чрезвычайных" мер к регулярным плановым проверкам, итоги которых столь же регулярно докладывались президенту. Привычные прежде сенсационные разоблачения стали большой редкостью. А с избранием на пост президента Владимира Путина контрольное управление стало наконец в полной мере соответствовать своему названию как структура, призванная лишь контролировать выполнение законов, оставляя функцию "дубины" другим ведомствам.