На посту командующего СФ его сменил 12 марта 1992 года вице-адмирал Олег Ерофеев. До этого он был начальником штаба и первым замкомандующего СФ. В 1997 году военная прокуратура обвинила адмирала Ерофеева в незаконном использовании личного состава, техники и средств для постройки дачи в Подмосковье. В феврале 1998 года дело прекращено по амнистии после возмещения обвиняемым ущерба в 65 млн руб. 11 сентября 1998 года на флоте произошло ЧП. На АПЛ К-480 "Барс" матрос расстрелял из автомата восьмерых сослуживцев и забаррикадировался в торпедном отсеке, угрожая взорвать лодку. При штурме он покончил жизнь самоубийством. Через три месяца, в декабре 1998 года, адмирал Ерофеев ушел в отставку.
Вице-адмирал Вячеслав Попов назначен командующим СФ 26 января 1999 года. До этого он занимал должность начальника штаба и первого замкомандующего СФ. 12 августа 2000 года в Баренцевом море на борту АПЛ К-141 "Курск" произошел взрыв торпед. Лодка затонула, погибли 118 моряков. 1 декабря 2001 года после получения от генпрокурора РФ предварительных итогов расследования трагедии президент РФ Владимир Путин отправил вице-адмирала Попова в отставку.Вице-адмирал Геннадий Сучков командовал СФ с 5 декабря 2001 года. До этого он возглавлял Тихоокеанский флот. 30 августа 2003 года в Баренцевом море во время буксировки к месту утилизации утонула списанная АПЛ К-159. Из 10 членов швартовой команды спасся только один. 11 сентября 2003 года Геннадий Сучков был временно отстранен от должности. 18 мая 2004 года осужден судом СФ к четырем годам лишения свободы условно по части 2 статьи 293 УК РФ ("Халатность, повлекшая по неосторожности смерть человека").
С 11 сентября 2003 года временно исполняющим обязанности командующего СФ был начальник штаба флота вице-адмирал Сергей Симоненко.