С началом перестройки в Грузии и Южной Осетии активизировались национальные движения. 10 ноября 1989 года XII чрезвычайная сессия совета народных депутатов Юго-Осетинской автономной области преобразовала этот регион в автономную республику в составе Грузинской ССР и обратилась в Верховный совет Грузии с просьбой рассмотреть это решение. Однако президиум Верховного совета Грузии 16 ноября 1989 года отверг это обращение и создал "комиссию по изучению вопросов, связанных со статусом Юго-Осетинской АО". Сторонники юго-осетинской независимости восприняли это как первый шаг к ликвидации автономии. 23 ноября 1989 года грузинские националистические движения попытались провести митинг в столице АО городе Цхинвали, из разных районов Грузии сюда прибыли до 50 тыс. человек. Однако колонна была остановлена у въезда в Цхинвали и после двух суток противостояния повернула обратно. В области начались столкновения осетинских и грузинских вооруженных формирований, в которые пытались вмешаться внутренние войска МВД СССР.
20 сентября 1990 года Юго-Осетинский облсовет принял декларацию, согласно которой автономная область провозглашалась Юго-Осетинской Советской Демократической Республикой. 9 декабря прошли выборы Верховного совета Юго-Осетинской Республики. В ответ 11 декабря 1990 года парламент Грузии единогласно признал выборы незаконными и постановил упразднить Юго-Осетинскую автономную область. На следующий день президиум Верховного совета Грузинской ССР ввел на территории Цхинвали и Джавского района Юго-Осетинской АО чрезвычайное положение. По приказу спикера парламента Грузии Звиада Гамсахурдиа 6 января 1991 года в Южную Осетию были переброшены грузинские отряды, боевые действия резко активизировались, началась блокада автономии. Более 10 тыс. человек бежали из Южной Осетии в Северную (еще около 30 тыс. осетин покинули внутренние районы Грузии).19 января 1992 года в Южной Осетии состоялся референдум по вопросу "о государственной независимости и (или) воссоединении с Северной Осетией", в ходе которого большинство голосовавших высказались за эти идеи. Вскоре в Южную Осетию ввели части Республиканской гвардии Грузии с тяжелой техникой. Они долго и безуспешно осаждали Цхинвали и ряд других населенных пунктов области. Всего в ходе боевых действий безвозвратные потери (убитые и пропавшие без вести) осетинской стороны составили 1000 человек, ранено — свыше 2500. В разгар боев — 29 мая 1992 года — в Южной Осетии принят Акт о государственной независимости республики.
Конфликт был остановлен после того, как 24 июля 1992 года президент РФ Борис Ельцин и председатель Государственного совета Грузии Эдуард Шеварднадзе подписали Дагомысское соглашение о принципах урегулирования грузино-осетинского конфликта. В рамках его реализации 14 июля 1992 года в Южной Осетии был прекращен огонь, разведены враждующие стороны и начали действовать совместные миротворческие силы в составе российского, грузинского и юго-осетинского батальонов (23 января 2004 года приказом министра обороны Грузии грузинский батальон расформирован).
С тех пор самопровозглашенная Республика Южная Осетия была фактически независимым государственным образованием — со своей конституцией (принята 2 ноября 1993 года), государственной символикой (флагом, гербом, гимном), парламентом. Население республики — порядка 70 тыс. человек.
С октября 1993 года Южную Осетию возглавлял профессор, доктор исторических наук Людвиг Чибиров, ранее работавший ректором областного пединститута. 10 ноября 1996 года он избран первым президентом республики. 2 декабря 2001 года новым президентом Южной Осетии стал бизнесмен Эдуард Кокоев.
Последние выборы в парламент (формируемый по мажоритарно-пропорциональной системе) состоялись 23 мая 2004 года, победу на них одержала пропрезидентская партия "Единство", второе место получила компартия.
В то же время Южная Осетия не признана международным сообществом. Грузинские власти рассматривают ее как административную единицу Грузии — Цхинвальский регион.