Впервые Леонид Парфенов заявил об уходе с НТВ в разгар конфликта вокруг перехода телеканала в собственность "Газпром-медиа". В ночь на 6 апреля 2001 года господин Парфенов в прямом эфире программы "Антропология" сообщил, что покидает НТВ, а 7 апреля опубликовал в Ъ открытое письмо гендиректору канала Евгению Киселеву, где раскритиковал его действия и подтвердил решение об увольнении: "Считай это заявлением об уходе, формальную бумагу пришлю по факсу. На телевидении мне уходить некуда: ухожу в никуда". После смены власти на НТВ 14 апреля Леонид Парфенов продолжил работу на телеканале.
6 февраля 2003 года в интервью "Эху Москвы" Леонид Парфенов объявил о прекращении выхода "Намедни" и уходе в отпуск на три месяца с 10 февраля. Решение ведущего стало следствием смены руководства НТВ: 22 января и. о. гендиректора канала был назначен доктор медицинских наук Николай Сенкевич, его замом стал телепродюсер Алексей Земский. Правление НТВ, включая господина Парфенова, выразило новым менеджерам недоверие "по причине их некомпетентности". 4 февраля Леонид Парфенов обсудил ситуацию с главой "Газпрома" Алексеем Миллером, после чего сообщил об уходе в отпуск. СМИ расценили этот шаг как фактический уход Леонида Парфенова с телеканала. Но 18 мая программа "Намедни" вернулась в эфир.
16 ноября 2003 года по указанию гендиректора НТВ Николая Сенкевича снят с эфира уже проанонсированный сюжет программы Леонида Парфенова "Намедни", посвященный выходу книги журналистки Елены Трегубовой "Байки кремлевского диггера". Господин Парфенов публично выразил недовольство решением гендиректора. Некоторые СМИ вновь заговорили о возможном увольнении ведущего, но ни он сам, ни руководители НТВ и "Газпром-медиа" подобных заявлений не делали.
