В 1997 году объем экспорта российского оружия упал на 27% и составил $2,6 млрд (в 1996 году — $3,56 млрд), из них по линии "Росвооружения" было получено около $2 млрд. В 1998 году объем российского оружейного экспорта составил $2,3 млрд.
Летом 1998 года проверку "Росвооружения" провело главное контрольное управление администрации президента. Результаты проверки были засекречены, однако в СМИ попали различные факты финансовых нарушений со стороны руководства компании. Так, в начале 1998 года Евгений Ананьев разместил средства "Росвооружения" в размере $31 млн в МАПО-банке, руководителем которого он был до назначения в госкомпанию. Проверки установили, что средства были помещены в банк по крайне низкой ставке — 5,5% годовых, что привело к большим убыткам государства. Еще порядка $40 млн было переведено в ОВВЗ и переведено в уставный капитал дочерних предприятий компании или прокручено через МАПО-банк. Проверка также установила, что на личную охрану Евгения Ананьева "Росвооружение" тратило $85 тыс. ежемесячно. Более $500 тыс. было потрачено на оборудование директорского спецблока в офисе компании.В октябре 1999 года Евгений Ананьев фигурировал в направленном Генпрокуратурой премьер-министру Евгению Примакову "списке лиц, на которых в правоохранительных органах накоплены компрометирующие материалы уголовно-процессуального характера".