21 декабря 1994 года первый замглавкома сухопутных войск генерал-полковник Эдуард Воробьев подал рапорт об отставке. Министр обороны РФ Павел Грачев поручил Эдуарду Воробьеву возглавить операцию по вводу войск в Чечню, тот отказался, в связи с чем и был уволен.
29 июня 1995 года после рейда чеченского полевого командира Шамиля Басаева на Буденновск прошения об отставке подали министр обороны генерал армии Павел Грачев, министр внутренних дел генерал армии Виктор Ерин и директор Федеральной службы безопасности генерал-лейтенант Сергей Степашин. Борис Ельцин 30 июня принял все отставки, сохранив пост лишь Павлу Грачеву.9 января 1996 года руководитель Федеральной пограничной службы РФ генерал армии Андрей Николаев подал рапорт об отставке после публичной критики его действий президентом РФ Борисом Ельциным во время нападения боевиков Салмана Радуева на Кизляр. Борис Ельцин отставку Николаева не принял. Позже выяснилось, что при нападении границу охраняли подразделения внутренних войск, а не ФПС. 19 декабря 1997 года Андрей Николаев вновь подал в отставку с поста руководителя ФПС из-за несогласия с командой президента РФ перенести погранпост из селения Верхний Ларс на грузинской границе в глубь России. Борис Ельцин прошение удовлетворил.
В августе 1996 года командующий объединенной группировкой войск в Чечне генерал-лейтенант Константин Пуликовский подал в отставку из-за несогласия с подписанием Хасавюртовских соглашений с чеченскими сепаратистами. Осенью 1996 года рапорт был принят.
В апреле 1997 года главком внутренних войск МВД РФ генерал-лейтенант Анатолий Шкирко подал рапорт с просьбой об отставке по состоянию здоровья. Действительной причиной, по информации СМИ, было несогласие командующего с политикой федерального центра в Чечне. Рапорт был принят.
19 августа 2002 года, после того как под Ханкалой был сбит военный вертолет Ми-26 (тогда погибли 118 человек), временно отстранен от исполнения обязанностей командующий авиацией сухопутных войск генерал-полковник Виталий Павлов. В сентябре 2002 года он по собственной просьбе уволился из армии в знак несогласия с последовавшим за катастрофой переводом армейской авиации из сухопутных войск в ВВС.