ОАО "Тагмет". Летом 2000 года "Альфа-Эко" скупила у мелких акционеров и группы "Алфавит" около 42% акций ОАО. Война между новым акционером и руководством завода во главе с Сергеем Бидашем (он контролировал сначала 35%, а потом 54% акций) продолжалась два года. На завод "Альфа" так и не попала, но господин Бидаш был вынужден продать свой пакет ИК "Ринако", аффилированной с группой МДМ. После этого МДМ выкупила пакет "Альфы".
Торговый дом "П. А. Смирнов и потомки в Москве". В мае 2000 года структуры "Альфа-Эко" приобрели 50% акций торгового дома, выпускавшего водку "Смирновъ". Переговоры с основателем ТД Борисом Смирновым (ему принадлежали другие 50%) закончились ничем. После этого представители "Альфы", апеллируя к ряду судебных решений, взяли штурмом офис торгового дома, находящийся в центре Москвы. Борис Смирнов был вынужден оставить компанию.ОАО "Мегафон". В августе 2003 года "Альфа-Эко" приобрела бизнес компании LV Finance, в том числе и 25,1% акций ОАО "Мегафон". IPOC, владеющая 6,5% акций "Мегафона", практически сразу же заявила, что купила блокирующий пакет сотового оператора у LV Finance раньше, чем это сделала "Альфа". Слушания по делу о правах владения блокирующим пакетом акций третьего по величине российского оператора сотовой связи завершились в арбитраже Международной торговой палаты в Женеве в мае 2004 года. Решение, как ожидается, будет объявлено в июле.
ФПГ "Дон". В августе 2003 года "Альфа-Эко" и ФПГ "Дон" создали в Ростовской области агропромышленный холдинг "Альфа-Эко Дон". Компания была образована на базе предприятий по хранению и переработке зерна, в ее состав вошли Ростовский КХП, Мукомольный завод #1, "Волгодонский элеватор", Тарасовский КХП, Успенский КХП. Четыре из этих предприятий входили в ФПГ "Дон", однако в новом холдинге ФПГ досталось лишь 25% акций. Теперь руководство компании заявляет, что стало жертвой манипуляций со стороны "Альфа-Эко".