23 мая 1997 года Борис Ельцин уволил министра обороны Игоря Родионова и начальника Генштаба Виктора Самсонова. И. о. министра был назначен Игорь Сергеев, пост главы Генштаба был предложен командующему Дальневосточным военным округом генерал-полковнику Виктору Чечеватову. Однако тот после пятиминутной аудиенции с президентом от предложения отказался. И. о. начальника Генштаба был назначен Анатолий Квашнин, 19 июня он утвержден в должности.
16 июля 1997 года министр обороны Игорь Сергеев одобрил разработанную в Генштабе под руководством Анатолия Квашнина программу реорганизации ВС, которая предусматривала слияние ПВО и ВВС, ликвидацию главкомата сухопутных войск и включение военно-космических войск в РВСН. 24 марта 2001 года по инициативе Квашнина военно-космические войска вновь выделены в самостоятельный род войск, с 1 декабря при поддержке Квашнина восстановлен главкомат сухопутных войск.В ноябре 1998 года по согласованию с Борисом Ельциным министр обороны Игорь Сергеев объявил о создании в РФ стратегических сил сдерживания (ССС), которые должны были объединить наземные (из состава РВСН), авиационные (в ведении ВВС) и морские (в ведении ВМФ) ядерные средства. Таким образом, управление ядерными силами переходило от Генштаба к главному командованию ССС. Анатолий Квашнин выступил резко против этого проекта. В феврале 1999 года решением Бориса Ельцина создана спецкомиссия Минобороны, которая под нажимом Анатолия Квашнина признала проект нецелесообразным.
11 июня 1999 года в ходе миротворческой операции в Косово 200 десантников РФ по личному приказу главы Генштаба Анатолия Квашнина без согласования с командованием НАТО совершили упреждающий марш-бросок из Боснии и заняли стратегически важный аэропорт Приштины, который альянс собирался использовать для военно-транспортных самолетов и дислокации командования английских миротворцев.
29 марта 2000 года Анатолий Квашнин инициировал дело Буданова, лично доложив президенту о ЧП в Чечне, где командир 160-го танкового полка ОГВ полковник Юрий Буданов "совершил глумление над жительницей Чеченской республики и в последующем убил ее". "Это позорное явление для армии,— заявил генерал в интервью.— Таких подонков надо с корнем вырывать из нашего армейского коллектива". 25 июля 2003 года Буданов осужден на десять лет колонии строгого режима.
12 июля 2000 года Анатолий Квашнин на заседании коллегии Минобороны выступил с докладом о необходимости приоритетного развития сил общего назначения и сокращения РВСН, предложив лишить РВСН статуса самостоятельного вида ВС, сократить их и включить в состав ВВС. Министр обороны Игорь Сергеев назвал предложение "преступной глупостью и покушением на национальные интересы России". 16 января 2001 года Владимир Путин подписал указ о военном строительстве, в котором фактически утверждалась реформа РВСН по модели Анатолия Квашнина. 28 марта 2001 года новым главой Министерства обороны стал Сергей Иванов.