Платон Лебедев, председатель совета директоров МФО МЕНАТЕП, обвиняется в организации преступной группы, хищении 20% акций ГОК "Апатит" на сумму более $280 млн и неуплате налогов на сумму более 7 млн руб. по статье 159 (хищение в составе организованной группы в крупном размере), статье 164 (причинение ущерба в крупном размере путем обмана или злоупотребления доверием организованной группой), статье 315 (злостное неисполнение решения суда представителями коммерческой организации), статье 199 (неоднократное уклонение от налогов с организации в особо крупном размере группой лиц по предварительному сговору), статье 198 (неуплата налога физическим лицом в особо крупном размере), статье 160 (присвоение чужого имущества в особо крупном размере).
Василий Шахновский, экс-президент "ЮКОС-Москва", обвинялся в неуплате 28,5 млн руб. страховых взносов и налогов, подделке документов, предоставляющих право на налоговые льготы по статье 198 и статье 327 (подделка документов) УК РФ. 5 февраля 2004 года признан Мещанским судом Москвы виновным, приговорен к году тюрьмы, но освобожден от наказания, так как внес в бюджет сумму, вдвое большую, чем налоговые претензии к нему.Леонид Невзлин, акционер ЮКОСа, был заочно обвинен по статьям 160 и 198 в уклонении от уплаты 26,7 млн руб. налогов, хищениях на сумму $39 млн (присвоение акций "Томскнефти" и Ачинского НПЗ).
Владимир Дубов, акционер ЮКОСа, заочно обвинен по статьям 159 и 165 УК РФ в хищении 76 млрд неденоминированных руб. бюджетных средств, выделенных Волгоградской областью на строительство жилья военнослужащим.
Михаил Брудно, акционер ЮКОСа, заочно обвинен по статье 160 в присвоении более $2,8 млн выручки от реализации принадлежавшего ОАО "Апатит" апатитового концентрата.
Андрей Крайнов, бывший гендиректор АОЗТ "Волна", обвинен в хищении 20% акций ГОК "Апатит" на сумму более $280 млн по статьям 159, 315, 165 УК РФ.
Алексей Пичугин, начальник отдела службы безопасности НК ЮКОС, обвиняется в убийстве тамбовского предпринимателя Сергея Горина и его супруги, в покушении на убийство экс-советника мэра Москвы по имиджу Ольги Костиной по статьям 105 (убийство) и 119 (угроза убийством) УК РФ.