21 мая 1998 года сторонники братьев Магомеда и Надира Хачилаевых захватили Дом правительства и здание госсовета Дагестана в Махачкале. Нападавшие водрузили над зданием зеленые исламские знамена и потребовали отставки руководства республики во главе с Магомедали Магомедовым. К вечеру того же дня к Махачкале были стянуты 102-я бригада внутренних войск и 136-я бригада Минобороны, после чего глава госсовета убедил митингующих разойтись.
26 августа 1998 года в Кизляре состоялся траурный митинг по муфтию Дагестана Саидмухамеду-хаджи Абубакарову, погибшему 2 августа в результате покушения. Митингующие перекрыли федеральную трассу "Кавказ" и потребовали отставки госсовета Дагестана во главе с Магомедали Магомедовым в связи с неспособностью навести порядок в республике и обеспечить безопасность населения. С участниками митинга встретились член госсовета Гамзат Гамзатов и вице-премьер республиканского правительства Гаджи Махачев, которые убедили их снять требование об отставке и разойтись.31 августа 1998 года в Махачкале прошел конгресс дагестанских мусульман, делегаты которого потребовали немедленной отставки председателя госсовета и проведения выборов главы республики. Господин Магомедов встретился с участниками конгресса, выслушал их требования и пообещал передать их в народное собрание Дагестана для рассмотрения в месячный срок. Парламент оставил требования без последствий.
6 сентября 1998 года в Махачкале состоялся "общедагестанский конгресс", который осудил руководство республики за неспособность противостоять "попыткам отчуждения Дагестана от России" и обратился к властям РФ с призывом добиться немедленной отставки председателя госсовета Дагестана Магомедали Магомедова и мэра Махачкалы Саида Амирова. Призыв остался без последствий.
9 сентября 1998 года после ареста депутата народного собрания Дагестана Магомеда Хачилаева в центре Махачкалы собрались на митинг его сторонники, которые потребовали освободить задержанных и отправить в отставку руководство республики. Депутаты народного собрания и представители правоохранительных органов убедили митингующих разойтись.
7 августа 1999 года в Дагестан вошли отряды боевиков из Чечни, которые заняли несколько дагестанских сел в Буйнакском, Ботлихском и Цумадинском районах и провозгласили на территории республики исламское государство, объявив дагестанское руководство во главе с Магомедали Магомедовым низложенным. К 26 августа боевики были вытеснены с территории республики российскими войсками.