19 ноября 2001 года народный хурал Бурятии избрал своим представителем в СФ бывшего генпрокурора РФ Юрия Скуратова. 22 ноября прокуратура Бурятии опротестовала решение, указав на нарушение процедуры голосования. 27 ноября к хуралу с просьбой аннулировать решение обратилась группа членов СФ и лидеры думских фракций и групп Владимир Пехтин ("Единство"), Вячеслав Володин (ОВР), Геннадий Райков ("Народный депутат") и Олег Морозов ("Регионы России"). 28 ноября хурал отменил назначение Скуратова и избрал членом СФ зампреда комитета по природным ресурсам Бурятии Владимира Бавлова.
26 февраля 2002 года законодательное собрание Ленинградской области избрало представителем в СФ главу совета директоров инвестиционной компании "Монтес Аури" Альфреда Коха. 6 марта глава комитета ЗС по законности и правопорядку Олег Петров и прокурор Ленобласти Юрий Прокофьев оспорили это решение в суде, указав на ненадлежащее оформление декларации о доходах господина Коха и неправильное формирование комиссии по голосованию. Альфред Кох не стал дожидаться суда и 27 марта отказался от должности. 23 апреля ЗС Ленобласти направило в верхнюю палату парламента председателя комитета по туризму и развитию курортов администрации Петербурга Валерия Голубева, по данным СМИ, давнего соратника Владимира Путина.27 октября 2003 года суглан Эвенкийского автономного округа отозвал из Совета федерации своего представителя Николая Анисимова и избрал на его место президента компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского. К тому времени Генеральная прокуратура инкриминировала господину Шахновскому уклонение от уплаты налогов на сумму 29 млн руб. Генпрокуратура опротестовала в Красноярском краевом суде решение об избрании Василия Шахновского. 6 ноября суд восстановил Николая Анисимова в должности и признал избрание Василия Шахновского недействительным. 24 ноября Василий Шахновский отказался от дальнейшей борьбы, направив в суглан самоотвод. 19 декабря суглан отменил отзыв Николая Анисимова.