С начала формирования нынешнего состава Совета федерации в августе 2000 года по решению глав регионов было отозвано 4 члена, 7 лишились места по решению местных законодателей. Назначения еще трех опротестовали в суде, и они не состоялись. Один назначенный — Альфред Кох — не стал дожидаться суда и отказался от места сенатора сам.
26 декабря 2001 года глава Коми Юрий Спиридонов подписал указ об отзыве представителя республики в СФ Юрия Волкова за "ненадлежащее исполнение обязанностей". 23 января 2002 года решение поддержал госсовет Коми. 13 февраля Юрий Волков вернулся в СФ как представитель администрации Ненецкого АО, а 1 октября по решению ненецкого губернатора Владимира Бутова был отозван за "недостаточно активную защиту интересов региона".
26 февраля 2002 года депутаты ЗС Ленинградской области одобрили кандидатуру Альфреда Коха в качестве своего представителя в СФ. 6 марта 2002 года прокурор Ленобласти Юрий Прокофьев сообщил, что избрание Альфреда Коха будет оспорено в суде и им уже поданы заявления в суд Выборга и Смольнинский суд Санкт-Петербурга. Господин Кох не стал дожидаться суда и отказался от должности сенатора.
7 апреля 2003 года президент Татарстана Минтимер Шаймиев принял решение отозвать из Совета федерации представителя госсовета Рафгата Алтынбаева. Причиной стал конфликт на партийной почве: господин Шаймиев — сопредседатель "Единой России", а господин Алтынбаев — один из лидеров Российской партии жизни. 11 апреля госсовет Татарстана подтвердил отзыв Рафгата Алтынбаева. 23 апреля СФ сначала выступил против отзыва, но после выступлений спикера Сергея Миронова и самого Рафгата Алтынбаева все же подтвердил прекращение полномочий.
14 октября 2003 года суглан (парламент) Эвенкийского АО прекратил полномочия своего представителя в СФ Николая Анисимова и 27 октября 2003 года избрал вместо него Василия Шахновского, обвинявшегося Генпрокуратурой в уклонении от уплаты налогов. Генпрокуратура опротестовала решение в Красноярском крайсуде. 6 ноября суд восстановил в должности Николая Анисимова. 4 июня 2004 года суглан вновь прекратил полномочия господина Анисимова и избрал вместо него Михаила Одинцова. 7 июля СФ отказался прекратить полномочия Николая Анисимова, поскольку тот сообщил, что обратился с жалобой в Красноярский крайсуд. 4 августа сенатор проиграл дело, и 8 августа по решению СФ его сменил Михаил Одинцов.
13 сентября 2004 года губернатор Нижегородской области Геннадий Ходырев подписал указ о прекращении полномочий своего представителя в СФ Евгения Бушмина. За сохранение за ним места сенатора выступили полпред президента РФ в Приволжском ФО Сергей Кириенко и председатель СФ Сергей Миронов. 30 сентября Нижегородское ЗС отклонило инициативу губернатора по отзыву сенатора.