9 декабря 2000 года замгенпрокурора России Александр Звягинцев, курирующий Приволжский федеральный округ, направил в Верховный суд Татарии запрос о признании противоречащими федеральному законодательству 42 статей конституции региона, в том числе о государственном суверенитете, гражданстве, главенстве татарских законов над российскими и объявлении республики самостоятельным субъектом международного права.
Рассмотрение дела несколько раз переносилось по просьбе ответчика, однако 5 октября 2001 года суд согласился с большинством претензий прокурора, касающихся второстепенных статей, не затрагивающих базовых принципов конституции и касающихся в основном органов представительной и исполнительной власти: принципа разделения властей, назначения судей, организации местного самоуправления.
Рассмотрение тезисов о суверенитете и международной правосубъектности Татарии было передано Конституционному суду республики, который в январе 2002 года признал их нелегитимность.
19 апреля 2002 года госсовет Татарии принял новую редакцию конституции, в которой, однако, сохранились пункты о суверенитете, собственном гражданстве и обязательном двуязычии президента. Прокурор Звягинцев потребовал, чтобы Верховный суд Татарии установил факт уклонения парламента от исполнения решений судов (что привело бы к роспуску госсовета). Однако в сентябре 2002 год суд отказался признать, что госсовет перенес спорные пункты из старой конституции в новую.
26 сентября 2002 года прокурор направил новый запрос в Верховный суд Татарии, оспаривающий уже 52 статьи нового варианта конституции. К окончательному рассмотрению список претензий сократился до 19 статей, и 30 марта 2004 года Верховный суд Татарии требования прокурора удовлетворил.
Другим поводом для конфликта сторонников татарской государственности с федеральным центром стал этнический состав российских татар. 27 декабря 2001 года Госдума приняла закон "О Всероссийской переписи населения". Перечень национальностей для опросных листов был отдан на утверждение правительства. При этом в подготовленных Институтом этнологии и антропологии РАН перечне национальностей и языков, в отличие от прошлой переписи, из татарской национальности был выделен ряд этносов, например кряшены (крещеные татары), мишари и др. При обсуждении в Госдуме отклонены поправки татарстанских депутатов, призывавших не допустить "разделения единого татарского этноса". 17 января 2002 года госсовет республики принял обращение к президенту, правительству и федеральному собранию с призывом "не дробить татарскую нацию", однако изменений в перечень внесено не было.