К президентскому законопроекту было подготовлено около 300 поправок. Но львиную долю их думское большинство не сочло нужным даже вынести на обсуждение. Так, в числе отвергнутых оказалась самая принципиальная и наиболее часто встречавшаяся поправка: татарские, астраханские, хабаровские, новосибирские, сахалинские, воронежские и башкирские депутаты предложили исключить пункт о праве президента распускать законодательные собрания после двукратного отклонения кандидатуры главы региона.
Проигнорировала "Единая Россия" и другое весьма часто звучавшее предложение: татарские, астраханские и свердловские законодатели предлагали наделить региональные парламенты правом выдвижения собственных кандидатов в губернаторы. Кроме того, астраханские и татарские депутаты предлагали обязать президента РФ вносить альтернативные кандидатуры.
Остались незамеченными и поправки красноярского парламента, предлагавшего наделить правом выдвижения кандидатур региональные отделения партий и запретить президенту назначать на пост и. о. главы региона человека, из-за неутверждения которого губернатором региональный парламент был распущен. Не прислушалось думское большинство и к инициативе воронежских депутатов, которые предложили наделить местный парламент правом на отзыв губернатора двумя третями голосов без утверждения этого решения президентом.