В июле 2000 года МНС направило вице-премьеру Алексею Кудрину записку, в которой говорилось, что "некоторые нефтекомпании" уклоняются от уплаты налогов. В числе главных уклонистов упоминался ЮКОС, конкретные цифры не назывались.
9 июля 2003 года Генпрокуратура начала надзорную проверку ЮКОСа по запросу депутата Госдумы Михаила Бугеры, который обвинил компанию в уклонении от уплаты налогов.
29 декабря 2003 года МНС вручило руководству ЮКОСа акт проверки за 2000 год, в котором была зафиксирована неуплата налогов на сумму более 99 млрд руб. 26 мая 2004 года Мосарбитраж подтвердил претензии МНС. 12 июня Мосарбитраж отменил допэмиссию акций НК ЮКОС, с помощью которой планировалось собрать средства на выплату задолженности.
1 июля 2004 года МНС выдвинуло ЮКОСу налоговые претензии за 2001 год на 98 млрд руб. 20 июля Минюст РФ объявил, что намерен продать акции "Юганскнефтегаза" для обеспечения иска МНС. 17 августа МНС отказалось принять от НК пакет акций "Сибнефти" (34,5%) для погашения задолженности. 31 августа Басманный суд Москвы наложил арест на счета "дочек" ЮКОСа — "Томскнефти" и "Юганскнефтегаза".
7 сентября МНС потребовало, чтобы ЮКОС погасил задолженность по налогам за 2002 год на сумму 79,5 млрд руб.
11 октября Мосарбитраж обязал ЮКОС уплатить 39,1 млрд штрафов по налоговым недоимкам за 2001 год.
1 ноября НК ЮКОС получила претензии от налоговых служб за 2002 год на 193 млрд руб. "Юганскнефтегазу" предъявлены претензии в неуплате налогов за 2001 и 2002 годы в размере 67,5 млрд руб. и 29,6 млрд руб. соответственно.
7 декабря "Юганскнефтегаз" получил из Федеральной налоговой службы акт о претензиях за 2003 год на сумму 34 млрд руб.
К настоящему времени сумма претензий по неуплате налогов, предъявленных ЮКОСу, достигла 578 млрд руб., "Юганскнефтегазу" — около 146,8 млрд руб.