Дирекция возглавляется директором федеральной целевой программы.
Основная ответственность по координации и контролю за реализацией мероприятий по отдельным направлениям (проектам) программы возлагается на руководителей проектов.
Всего предполагается восемь проектов: управление по результатам, стандартизация и регламентация, оптимизация функций органов исполнительной власти и противодействие коррупции, повышение эффективности взаимодействия государства и общества, модернизация системы информационного обеспечения органов исполнительной власти и мониторинг административной реформы, обеспечение административной реформы, взаимодействие с обществом по вопросам административной реформы, управление федеральной целевой программой "Административная реформа".
Управление программой на региональном уровне осуществляет дирекция программы в каждом из семи федеральных округов.
Общее управление и контроль за реализацией программы осуществляет Министерство экономического развития и торговли.