17 августа 2000 года в Прохладненском районе КБР задержана преступная группа из трех человек, занимавшаяся разбойными нападениями. Все ее члены — активные сторонники ваххабизма. О ходе расследования не сообщалось.
16 августа 2001 года генпрокурор Владимир Устинов заявил о разоблачении заговора с целью свержения власти в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. 11 июля 2002 года в Пятигорском СИЗО завершился закрытый процесс по этому делу. 16 жителей КЧР получили от 4 до 15 лет тюрьмы.
В конце августа 2003 года в городе Баксане раскрыта новая подпольная сеть ваххабитов. Среди задержанных оказались местный житель Темиркан Шогенов, переправивший в Москву смертниц, совершивших теракты в Тушине и на Тверской, и Магомед Кодзоев, считавшийся верховным имамом ваххабитов Ингушетии и КБР. Под данным следствия, группировка Кодзоева по заказу лидеров чеченских боевиков организовала теракты в Москве, взрывы военного госпиталя и автобуса в Моздоке. 6 августа 2004 года в Верховном суде Северной Осетии начался процесс по делу о взрыве автобуса (подробнее см. стр. 6).
18 августа 2004 года в Чегемском районе КБР совершено нападение на сотрудников милиции. Погибли два милиционера, четверо ранены. В перестрелке убиты двое нападавших — уроженцы селения Кенделен 29-летний Мурат Жабелов и 37-летний Рашид Холамханов. Восьми бандитам удалось скрыться. Установлено, что убитые преступники являлись активными последователями ваххабизма, воевали в Чечне в составе незаконных вооруженных формирований. Поиски преступников и следствие продолжаются.
28 октября 2004 года совершено покушение на замначальника УБОП КБР полковника Анатолия Кярова: недалеко от его дома в Нальчике сработало безоболочное радиоуправляемое взрывное устройство мощностью около 200 г в тротиловом эквиваленте. Никто не пострадал. В качестве основной следователи рассматривают версию о связи преступления со служебной деятельностью Анатолия Кярова, считающегося активным борцом с ваххабизмом.
7 декабря 2004 года в Нальчике был обстрелян автомобиль УИН Минюста РФ по КБР, в котором находились начальник одного из исправительных учреждений полковник Мухтар Алтуев и его 16-летний сын. Подросток скончался, Мухтар Алтуев с ранениями доставлен в больницу. Следствие считает, что преступление — месть полковнику со стороны религиозных экстремистов, сторонники которых отбывают наказание в возглавляемой им колонии.