19 августа 1991 года патриарх Алексий распорядился отменить упоминание властей в церковных молитвах и прошениях, дистанцировавшись от ГКЧП. 20 августа он обратился к россиянам с призывом "не допустить кровопролития".
29 сентября 1993 года, в разгар противостояния президента РФ и Верховного совета, патриарх выступил с воззванием: "Россия на краю пропасти. Одна пуля, выпущенная около Белого дома, может привести к катастрофе". 2 октября священный синод РПЦ сообщил: "Тот, кто прольет невинную кровь, будет отлучен от церкви и предан анафеме".
В июне 1996 года накануне президентских выборов Алексий II призвал православных "не допустить повторного разрушения храма Христа Спасителя", которое станет возможным, если "россияне сделают неправильный выбор".
1 марта 1997 года на встрече с главой Федерации независимых профсоюзов Михаилом Шмаковым патриарх заявил, что всероссийская забастовка трудящихся не должна быть "направлена на смещение лиц, занимающих те или иные посты".
9 октября 1998 года на встрече с политическими деятелями, где обсуждались перспективы превращения России в парламентскую республику, Алексий II заявил, что следует "обеспечить большее представительство интересов и чаяний различных слоев общества".
4 мая 1999 года патриарх выступил со спецобращением по поводу войны на Балканах, осудив военное вмешательство США и отметив, что "происходящее в Югославии — грех перед Богом и преступление с точки зрения международного права".
20 марта 2003 года глава РПЦ осудил начало операции против Ирака, обратившись к странам антииракской коалиции: "Сделайте все возможное, чтобы не допустить разрастания военных действий! Возобновите мирный переговорный процесс!"
8 сентября 2004 года в ответ на заявление официального представителя госдепартамента США Ричарда Баучера о возможности контактов США с чеченской оппозицией Алексий II сказал: "В дни, когда мы все перенесли траур, эти заявления по меньшей мере неуместны".