7 апреля к 15 годам тюрьмы за государственную измену приговорен ученый Игорь Сутягин. Его дело ФСБ расследовала с 1999 года, но, по мнению защиты, так и не смогла представить вразумительных доказательств шпионской деятельности господина Сутягина. Однако суд принял сторону обвинения. В ноябре за госизмену 14 лет получил красноярский физик Валентин Данилов, обвиненный в 2000 году в передаче секретных сведений Китаю.
22 июня боевики напали на Ингушетию, атаковав ряд стратегических объектов и безнаказанно отступив. После этого уволен замдиректора ФСБ генерал-полковник Анатолий Ежков, курировавший Северный Кавказ.
11 июля подписан указ президента о реформе ФСБ: число заместителей директора службы сократилось с 12 до 4, директора приравняли по статусу к министру, 6 департаментов преобразовали в 8 служб, заодно образовав управление по борьбе с международным терроризмом. Одновременно оказались опровергнуты слухи о включении в ФСБ службы внешней разведки и Федеральной службы охраны.
В течение года в России произошел ряд масштабных терактов. 6 февраля смертник взорвал бомбу в поезде московского метро (убиты 39 человек). 9 мая на стадионе в Грозном взрывом бомбы убит президент Чечни Ахмат Кадыров. 4 июня самодельное взрывное устройство сработало на самарском рынке (11 убитых). Затем к списку терактов добавились взрывы двух самолетов 24 августа и взрыв у метро "Рижская" в Москве 31 августа. Во всех случаях ФСБ не смогла вовремя установить намерения террористов и предупредить преступления.
1 сентября группа боевиков захватила школу #1 в Беслане. Отсутствие информации о планах и намерениях боевиков, слабая организация работы спецслужб привели к гибели более 330 человек. В бою 3 сентября погибли 10 бойцов центра специального назначения ФСБ, что стало крупнейшими потерями спецназа госбезопасности с момента его создания в 1974 году. После Беслана был снят с поста начальник УФСБ Северной Осетии генерал-майор Валерий Андреев.
4 октября опубликован указ "Об оплате труда руководителей некоторых федеральных органов исполнительной власти", согласно которому денежное вознаграждение директора ФСБ составляет 21 600 руб. в месяц.
17 декабря принят в первом чтении законопроект "О противодействии терроризму", согласно которому ФСБ становится основным ведомством, ответственным за борьбу с терроризмом.