4 июля 2000 года фракция "Единство" проголосовала за исключение депутата Владимира Рыжкова. Поводом послужило неприятие последним президентских законопроектов о реформе власти. Владимир Рыжков стал независимым депутатом.
20 марта 2001 года "Единство" исключило из своих рядов депутата от Санкт-Петербурга Константина Севенарда. В тот же день другой член фракции, лидер движения "Рефах" Абдул-Вахед Ниязов, под давлением руководства покинул "Единство" "по собственному желанию". Севенард пострадал за "самостоятельную политическую игру", Ниязов — за решение "Рефаха" не входить в состав "Единства", а преобразоваться в самостоятельную партию "Благоденствие". Оба стали независимыми депутатами.
23 апреля 2001 года о своем выходе из фракции "Единство" заявили четыре депутата, представляющие движение "Поколение свободы": Александр Баранников, Владимир Коптев-Дворников, Владимир Семенов и Андрей Вульф. Они заявили, что недовольны жесткой внутрифракционной дисциплиной и не желают становиться частью бюрократической машины. Депутаты присоединились к СПС.
15 мая 2001 года из фракции "Единство" вышел депутат Александр Федулов. Это произошло после отказа фракции поддержать его проект обращения к президенту "Об осуждении проявлений антисемитизма в РФ". Федулов примкнул к фракции ОВР, откуда был отчислен 9 апреля 2002 года "за действия, дискредитирующие фракцию".
25 января 2002 года из фракции "Единство" исключен депутат Василий Волковский, проголосовавший против признания неудовлетворительной работы аппарата Госдумы. Его поступок был расценен как "грубое нарушение фракционной дисциплины". Господин Волковский стал независимым депутатом.
1 октября 2004 года депутат Игорь Морозов вышел из партии и фракции "Единая Россия", объявив, что партия нарушает предвыборные обещания о социальной защите населения. Игорь Морозов стал независимым депутатом.
9 ноября 2004 года депутат Анатолий Ермолин исключен из фракции "Единая Россия" за то, что 3 ноября обратился в Конституционный суд РФ с открытым письмом, в котором потребовал оградить депутатов фракции от давления "теневых менеджеров" из президентской администрации. Господин Ермолин стал независимым депутатом.