В марте 1995 года Юрий Лужков подал жалобу в Верховный суд РФ на решение главы МВД Виктора Ерина отстранить от должности начальника ГУВД Москвы Владимира Панкратова из-за убийства гендиректора телеканала ОРТ Владислава Листьева. Суд признал действия министра законными.
В декабре 1999 года Юрий Лужков обратился в Верховный суд РФ с требованием признать незаконным указ президента Бориса Ельцина от 2 декабря об отстранении Николая Куликова от должностей замглавы МВД и начальника столичного ГУВД. 22 декабря суд отклонил жалобу, однако 11 апреля 2000 года кассационная коллегия Верховного суда отменила указ президента в части увольнения Куликова с должности главы ГУВД. Тем не менее 23 мая 2000 года президиум ВС по протесту Генпрокуратуры принял решение в пользу президента.
21 декабря 1999 года мэрия Москвы подала иск в Верховный суд о признании недействительным приказа Министерства по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства о повышении тарифов МГТС на оплату услуг телефонной связи до 50 рублей в месяц с 1 января 2000 года. 18 января 2001 года Верховный суд счел действия министерства законными.
12 августа 2002 года Юрий Лужков обратился в Конституционный суд с запросом о соответствии Конституции РФ Земельного кодекса, принятого 25 октября 2001 года, и федерального закона "О приватизации государственного и муниципального имущества" от 21 декабря 2001 года. По мнению мэра, установленная законами стоимость приватизации земли не соответствовала московским расценкам. 5 ноября 2003 года запрос был отклонен как не относящийся к юрисдикции КС.
2 октября 2002 года мэрия Москвы запросила КС о законности постановления Верховного совета РСФСР от 27 декабря 1991 года, передавшего памятники общероссийского значения в федеральную собственность, а также указа президента РФ Бориса Ельцина от 20 февраля 1995 года, установившего перечень этих памятников. Запрос пока не рассмотрен.
10 июня 2003 года Юрий Лужков подал запрос в КС о соответствии Конституции федерального закона "О несостоятельности (банкротстве)", который лишал субъекты федерации возможности участия в процедуре банкротства. 25 декабря 2003 года запрос был отклонен как не относящийся к юрисдикции КС.