25 июля 2000 года на совместном заседании комитетов Совета федерации по бюджету и по экономической политике Юрий Лужков подверг критике предложенный правительством РФ Налоговый кодекс, отметив, что он "наносит непоправимый вред государству", а Минфин хочет "побольше взять у регионов" и таким образом обеспечить свою самодостаточность. 14 августа состоялась встреча мэра и главы Минфина Алексея Кудрина, после которой министр заявил, что Юрий Лужков со всем согласился.
12 марта 2002 года Юрий Лужков заявил, что "в правительстве есть лица, не заинтересованные в переходе АО 'Москвич' в собственность Москвы", а некоторым федеральным структурам выгодно банкротство завода. Несмотря на это, завод остался в федеральной собственности и был обанкрочен.
21 марта 2003 года мэр Москвы выступил с резкой критикой политики, проводимой Минкультуры. Он, в частности, высказал мнение, что современное российское телевидение представляет "грандиозную опасность для молодежи". В тот же день министр культуры Михаил Швыдкой ответил, что не все так уж плохо: "Телевидение у нас хорошее и развивается позитивно".
1 мая 2003 года на профсоюзном митинге в Москве столичный градоначальник раскритиковал планы правительства РФ по вступлению в ВТО, отметив, что "правительство нас усиленно толкает в ВТО". Несмотря на высказывания московского мэра кабинет министров продолжает курс по вступлению РФ в ВТО.
21 октября 2004 года на заседании правительства РФ Юрий Лужков вступил в словесную перепалку с главой МЭРТа Германом Грефом по вопросу охраны памятников культуры. Мэр был недоволен тем, что по новому закону о разделении полномочий регионы не могут использовать памятники федерального значения: "К нам скоро придет прокуратура и спросит: на каком основании вы восстанавливаете Манеж, обслуживаете бывший Моссовет". Министр ответил: "Вы говорите, что надо поделить памятники на ваши и наши. Но вы видите их вашими!"
3 декабря 2004 года в газете "Труд" в статье "Стабилизационный фонд — лекарство от развития" мэр Лужков обвинил правительство РФ в "накопительстве ради накопительства" и призвал потратить средства стабфонда на развитие высоких технологий в стране. 9 декабря 2004 года Минфин распространил официальный ответ на статью, в котором правительству Москвы ставился диагноз: "Экономическая безграмотность". 11 февраля 2005 года на встрече с министром финансов Алексеем Кудриным Владимир Путин поддержал идею направления средств стабфонда на выплату внешнего долга.
15 февраля 2005 года на заседании правительства Москвы Лужков раскритиковал реформу культуры, ведущую к тому, что "большинство репертуарных театров перестанет существовать". Реакции со стороны Минкульта РФ пока не последовало.