23 февраля 2000 года Владимир Путин прибыл с незапланированным визитом в Санкт-Петербург. По данным СМИ, и. о. президента в неофициальной обстановке встретился с вдовой бывшего мэра города Анатолия Собчака, скончавшегося в ночь на 21 февраля. На следующий день господин Путин принял участие в гражданской панихиде и похоронах Анатолия Собчака.
5 апреля 2000 года Владимир Путин отправился с визитом в Мурманск, однако около 10.00 его самолет неожиданно приземлился в Пулково. По официальным сообщениям, посадка была вынужденной и объяснялась погодными условиями. В аэропорту президента встретил губернатор Петербурга Владимир Яковлев, с которым Владимир Путин беседовал в течение нескольких часов. Господин Яковлев баллотировался на второй срок, и глава государства, по данным СМИ, потребовал от него обеспечить "чистые и честные выборы", а также обсудил подготовку города к чемпионату мира по хоккею.
16 июня 2003 года господин Путин в сопровождении министра путей сообщения Геннадия Фадеева неожиданно прибыл в Петербург (его визит ожидался на следующий день, когда было назначено выездное заседание Госсовета). Глава государства приехал поездом на реконструированный Ладожский вокзал и вместе с губернатором Владимиром Яковлевым и полпредом Валентиной Матвиенко принял участие в церемонии его открытия.
6 октября 2003 года Владимир Путин приехал в Петербург с незапланированным визитом, чтобы поздравить Валентину Матвиенко с избранием на пост губернатора. Госпожа Матвиенко впоследствии заявила, что президент пообещал ей поддержку федерального центра в реализации программ развития города.