25 сентября 1993 года губернатор Брянской области Юрий Лодкин, избранный в апреле 1993 года, указом Бориса Ельцина был отстранен от должности. Причиной стал отказ губернатора признать указ президента РФ от 21 сентября 1993 года "О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации" и публичная поддержка действий Верховного совета. В дальнейшем Юрий Лодкин безуспешно оспаривал отстранение в Хамовническом межмуниципальном суде Москвы вплоть до своего повторного избрания губернатором в декабре 1996 года. Позднее, по данным СМИ, увольнение Юрия Лодкина все же было признано незаконным, и ему выплатили зарплату за весь период.
21 декабря 1994 года мэр Владивостока Виктор Черепков, избранный в июне 1993 года, указом президента Бориса Ельцина отстранен от должности "в связи с длительным неисполнением обязанностей и нарушением законодательства". Формальной причиной стало возбуждение против мэра в феврале 1994 года уголовного дела по обвинению во взяточничестве. Виктор Черепков оспорил указ в Хамовническом межмуниципальном суде, который 20 августа 1996 года признал его правоту. 24 сентября 1996 года Борис Ельцин восстановил Виктора Черепкова на посту мэра.
5 февраля 2001 года губернатор Приморья Евгений Наздратенко, избиравшийся на этот пост в 1995 и 1999 годах, после телефонного разговора с Владимиром Путиным ушел в отставку "по собственному желанию". По данным СМИ, решение было принято под давлением президентской администрации, недовольной экономическим кризисом в регионе. 24 февраля 2001 года Наздратенко был назначен председателем Госкомрыболовства.
16 июня 2003 года губернатор Петербурга Владимир Яковлев, избиравшийся в 1996 и 2000 годах, на встрече с Владимиром Путиным заявил о готовности уйти в отставку. В тот же день он был назначен заместителем председателя правительства РФ по вопросам ЖКХ. На досрочных выборах главы города победу одержала полпред президента в Северо-Западном округе Валентина Матвиенко.