По одной из версий, покушение на Анатолия Чубайса связано с его деятельностью на посту председателя правления РАО "ЕЭС России". Действительно, проводимая им реформа энергетической монополии вызвала серьезное недовольство как госчиновников, так и бизнес-структур.
В 1998-2001 годах Анатолий Чубайс провел финансовое оздоровление РАО ЕЭС. В результате появилась прибыль, компания стала полностью платить налоги, недоимки прошлых лет были реструктурированы. Наведение финансового порядка сопровождалось жесткими аппаратными мерами. Многие гендиректора дочерних структур, АО-энерго были либо уволены, либо лишились возможности полностью контролировать финансовые потоки на подчиненных им предприятиях. Это не могло не вызвать недовольства многих крупных региональных руководителей в системе РАО ЕЭС.
11 июля 2001 года премьер Михаил Касьянов одобрил правительственное постановление о реформе электроэнергетики. План реформы был составлен в духе предложений Анатолия Чубайса. В частности, было указано, что РАО ЕЭС будет разделено не на вертикально интегрированные компании, как этого требовали многие губернаторы и советник президента Андрей Илларионов, а по горизонтали на отдельные виды бизнеса — генерацию, передачу электроэнергии и сбыт. Советник президента выступал против Анатолия Чубайса по теоретическим соображениям — вертикально интегрированные компании (в которых сосредоточены и генерация, и сбыт, и сети), по его мнению, лучше приспособлены к превратностям рынка и технологическим сбоям, чем отдельно существующие генерирующие, сбытовые и сетевые компании. В результате губернаторы лишались возможности напрямую управлять "своими" АО-энерго. Мощности последних, с одной стороны, разделяются по видам бизнеса, а с другой — объединяются (опять же в рамках отдельных видов бизнеса) в межрегиональные структуры.
Особенно острый конфликт разгорелся между Анатолием Чубайсом и мэром Москвы Юрием Лужковым. Они не поделили "Мосэнерго". В 2001 году Анатолий Чубайс добился отставки близкого Юрию Лужкову гендиректора "Мосэнерго" Александра Ремезова и назначения своего ставленника Аркадия Евстафьева.
Реформой электроэнергетики по Чубайсу недовольны не только многие губернаторы, но и многие крупные бизнес-структуры. В первую очередь те, кому нужно для производственного процесса много дешевого электричества. Известны, например, жесткие споры между Анатолием Чубайсом и главой "Базового элемента" Олегом Дерипаской. Предметы столкновений — судьба всего РАО (господин Дерипаска предложил в прошлом году вообще остановить электрореформу и не расчленять РАО на оптово-генерирующие компании), Саяно-Шушенской, Красноярской и Богучанской ГЭС. Впрочем, столкновения господ Дерипаски и Чубайса проходили с переменным успехом на вполне законном поле: в арбитражных судах, в Госдуме и в правительстве.
Но особенно велико недовольство тех бизнес-структур, которые, поверив обещаниям Анатолия Чубайса, данным им еще в 2003 году, использовать при распродаже генерирующих мощностей прежде всего акции РАО ЕЭС (то есть речь шла об обмене акций холдинга на акции генерирующих компаний), скупили их значительные пакеты. Глава РАО ЕЭС, давая такие обещания, рассчитывал на поддержку его планов Кремлем и правительством. Закон об электроэнергетике, позволяющий и такую схему реализации генерирующих активов, вступил в силу в апреле 2003 года. Министерство экономического развития, а также тогдашний вице-премьер Виктор Христенко против схемы обмена акций ничего существенного поначалу не имели. Но потом ситуация усложнилась. Вначале (в сентябре 2003 года) Герман Греф потребовал использования на аукционах по продаже акций еще не созданных к тому времени объединенных генерирующих компаний (ОГК) не только акций РАО, но и денег. Это застопорило работу над правительственным постановлением о способах продажи ОГК. Затем, в июне 2004 года, новый премьер Михаил Фрадков вообще отложил решение этого вопроса до декабря 2004 года. В конечном итоге в декабре 2004 года правительство одобрило процесс создания ОГК (чем сейчас в РАО ЕЭС и занимаются), но способы продажи ОГК так и не определены. Нетрудно предположить, что ряд бизнес-структур пострадали от нерешительности правительства — серьезные средства в акции РАО уже вложены, а контроля над крупными генерирующими мощностями не получено.