Представители деловых объединений называют несколько сложностей, которые могут возникнуть в процессе унификации механизма распределения бюджетных субсидий. Так, по словам заместителя исполнительного директора «Опоры России» Ивана Ефременкова, оценить готовность бизнеса к такому подходу можно будет только после подготовки подзаконных актов. Также он указывает на риски того, что компании, которым субсидии «нужны для выживания», в конкурентной борьбе победить не смогут. «В последние два года — в период COVID-19 и на фоне текущей экономической ситуации, связанной с санкциями и разрывом логистических цепочек,— субсидии стали не поощрением лучших, а инструментом поддержки всего пострадавшего бизнеса. С другой стороны,— добавляет Иван Ефременков,— существуют и риски того, что "поддержка лучших" обернется тем, что одни компании будут регулярно получать поддержку, а остальные — нет».
Член генсовета «Деловой России» Алексей Мостовщиков видит в унификации получения субсидий, грантов и мер поддержки и плюсы («чем проще получить меры поддержки, тем больше вероятность, что это возымеет положительный эффект»), и минусы («фактически их смогут получать только те, кто показывает хорошие финансовые результаты и имеет возможность нанимать специалистов для заполнения и подачи заявок, снижая тем самым шансы получить субсидии другим предпринимателям, которые испытывают финансовые затруднения или занимаются заполнением заявок самостоятельно»).
«Несколько настороженно» относятся к проекту Минфина в РСПП, объясняя это «рисками злоупотребления размещаемой на едином портале бюджетной системы информацией», в том числе о проектах, продукции и направлениях НИОКР компаний, как конкурентами, так и «недружественными юрисдикциями». РСПП настаивает на ограничении публичного раскрытия таких данных и обсуждении их «чувствительности» с компаниями — в том числе речь идет о возможности учета в проекте необходимости ограничения раскрытия «информации, которая формально не содержит сведений, составляющих гостайну, и не является информацией ограниченного доступа». Также в союзе отмечают, что с субсидиями для определенных категорий получателей (промышленных компаний, МСП и т. д.) эффективнее и менее затратно работать на уже профинансированных бизнесом специализированных порталах.