6 июня 2003 года депутат Госдумы Владимир Юдин направил в Генпрокуратуру запрос, в котором ставил под сомнение легитимность приватизации в 1994 году горно-обогатительного комбината "Апатит" (Мурманская область). Через несколько дней Генпрокуратура возбудила уголовное дело по факту незаконной приватизации. 2 июля 2003 года по данному делу задержан глава МФО МЕНАТЕП и совладелец НК ЮКОС Платон Лебедев, находившийся на лечении. Тогда же был возбужден еще ряд дел против сотрудников ЮКОСа и его подразделений, в том числе сотрудника службы безопасности НК Алексея Пичугина.
Утром 25 октября в новосибирском аэропорту Толмачево задержан председатель правления ЮКОСа Михаил Ходорковский. В тот же день он доставлен в Москву, где в Генпрокуратуре ему предъявили обвинения по семи статьям УК РФ. Через несколько часов Басманный суд Москвы вынес решение избрать Михаилу Ходорковскому в качестве меры пресечения содержание под стражей. Он был отправлен в СИЗО #1 "Матросская Тишина".
3 ноября господин Ходорковский оставил свой пост в компании ЮКОС. 29 марта 2004 года в СМИ была опубликована статья Михаила Ходорковского, в которой он призвал либералов сменить стратегию взаимодействия с государством.
14 мая 2004 года дело Михаила Ходорковского и гендиректора АОЗТ "Волна" Андрея Крайнова (причастного к приватизации "Апатита") передано в Мещанский суд Москвы. 8 июня суд объединил его с делом Платона Лебедева. 16 июня началось рассмотрение дела по существу. 14 июля прокурор Дмитрий Шохин начал оглашение обвинительного заключения. 23 июля суд отклонил ходатайство о прекращении дела о хищении 20% акций "Апатита" по истечении срока давности (аналогичные ходатайства 9 ноября 2004 года и 16 марта 2005 года также отклонены). 17 августа обвинение закончило представление доказательств и начало допрос свидетелей. 16 декабря защита Михаила Ходорковского начала представление доказательств.
Пока шел суд, в декабре 2004 года против экс-главы ЮКОСа началось расследование еще под одной статье УК — 174 п. 3 ("Легализация денежных средств, полученных преступным путем"). Следствие по этому делу продолжается.
16 февраля 2005 года суд отклонил ходатайство о прекращении дела по эпизоду об уклонении от уплаты налогов с юридических лиц в связи со вступлением в силу изменений в УК РФ. 25 февраля Михаил Ходорковский дал показания в суде, не признав вину. Господин Лебедев также отверг все предъявленные обвинения.
29 марта прокурор попросил суд признать обвиняемых Ходорковского и Лебедева виновными и приговорить их к десяти годам лишения свободы. 5 апреля в прения вступила защита Михаила Ходорковского. 5 апреля акционеры группы МЕНАТЕП перечислили $4,8 млн в бюджет в качестве возмещения неуплаченных Михаилом Ходорковским и Платоном Лебедевым налогов.