31 мая 2000 года, выступая в Госдуме, предложил внести изменения в Конституцию для предоставления Генпрокуратуре прав законодательной инициативы и обращения в Конституционный суд. Предложение не было рассмотрено.
8 декабря 2000 года заявил, что намерен издать приказ, четко регламентирующий порядок применения силовой поддержки в ходе следственных действий. Причиной стал обыск, устроенный Московской авиатранспортной прокуратурой 5 декабря в офисе телекомпании ОРТ. В феврале 2001 года генпрокурор издал приказ об усилении прокурорского надзора за законностью производства выемок и обысков, однако практика так называемых маски-шоу сохранилась.
15 мая 2002 года, выступая в Совете федерации, генпрокурор предложил ввести обязательное участие прокуроров в процедуре банкротства для выявления фиктивного банкротства. Предложение не было рассмотрено.
29 октября 2004 года, выступая в Госдуме, предложил включить в закон "О противодействии терроризму" норму, позволяющую применять карательные меры к родственникам террористов ("контрзахват") и вернуть в УК такую меру наказания, как конфискация имущества. Идея "контрзахвата" была осуждена многими политическими, общественными и правозащитными организациями. Вопрос о конфискации обсуждается на уровне комитетов Госдумы.
21 января 2005 года на расширенной коллегии Генпрокуратуры Владимир Устинов предложил передать из ведения Министерства юстиции в ведение судебной власти службу судебных приставов по причине ее плохой работы. Инициатива оставлена без внимания.
26 января 2005 года, выступая с ежегодным докладом на заседании Совета федерации, генпрокурор предложил возвратить институт конфискации имущества для более эффективной борьбы с коррупцией. В феврале соответствующие поправки к УК были внесены в Госдуму и одобрены комитетом по безопасности.
21 марта 2005 года, выступая на заседании комиссии Совета федерации по подготовке законодательных предложений по противодействию терроризму, развил идею о введении конфискации имущества террористов, предложив за счет имущества боевиков выплачивать компенсации пострадавшим.