В настоящее время список дочерних и зависимых обществ НК ЮКОС состоит из 49 компаний (включая "Юганскнефтегаз", который НК по-прежнему считает своим). Наиболее крупные добывающие и перерабатывающие компании ЮКОСа — ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Томскнефть", ОАО "Восточно-Сибирская нефтегазовая компания", ОАО "Куйбышевский нефтеперерабатывающий завод", ОАО "Новокуйбышевский нефтеперерабатывающий завод", ОАО "Сызранский нефтеперерабатывающий завод", ОАО "Ангарская нефтехимическая компания", ОАО "Ачинский нефтеперерабатывающий завод Восточной нефтяной компании", ЗАО "Отрадненский газоперерабатывающий завод", ЗАО "Нефтеюганский газоперерабатывающий завод", ЗАО "Уренгойл Инк.", ОАО "Арктическая газовая компания", ОАО "Нефтегазтехнология", ОАО "Ангарский завод катализаторов и органического синтеза" и ОАО "Ангарский завод полимеров".