6 февраля 1997 года Госдума инициировала проверку законности доходов Анатолия Чубайса за 1996 год в связи с публикацией в СМИ сведений о поступлении на его банковские счета крупных сумм. По итогам проверки 9 апреля 1997 года генпрокурор Юрий Скуратов сообщил, что деньги заработаны господином Чубайсом "в период, когда он не находился на госслужбе", и с них уплачен налог в 517,2 млн руб.
В апреле 1997 года первый вице-премьер Анатолий Чубайс допрошен в Генпрокуратуре как свидетель по делу "о коробке из-под ксерокса" с $538 тыс., которую 19 июня 1996 года пытались вынести из Белого дома Сергей Лисовский и Аркадий Евстафьев. Моспрокуратура возбудила дело по ст. 162 ч. 7 УК РСФСР ("Незаконные операции с валютой в особо крупных размерах"). Однако владельцев коробки установить не удалось, и 7 апреля 1997 года дело прекращено.
В ноябре 1997 года Анатолий Чубайс вызван в прокуратуру Москвы в качестве свидетеля по "делу писателей". Это расследование началось после публикации 4 августа 1997 года в "Новой газете" статьи Александра Минкина, согласно которой в январе 1997 года экс-вице-премьер и экс-глава Госкомимущества Альфред Кох получил аванс в $100 тыс. от швейцарской фирмы Servina Trading за право на издание книги "Приватизация в России". В ходе следствия выяснилось, что за написание книги о приватизации группа авторов во главе с Анатолием Чубайсом получила по $90 тыс. Соавторы господина Чубайса лишились государственных постов, а сам он — должности министра финансов, сохранив пост вице-премьера. В декабре 1998 года дело прекращено по амнистии.
В марте 2001 года Анатолий Чубайс дал Генпрокуратуре показания в качестве свидетеля по делу против нижегородской обладминистрации по факту "ошибочного перевода" в ноябре 1994 года американским Bank of New York банку "Нижегородец" (Нижний Новгород) $2 млн. Для возвращения уже потраченных "Нижегородцем" средств по поручению обладминистрации ЗАО "Нижегородская ярмарка" взяло кредит в Инкомбанке под залог здания госпредприятия "Нижполиграф". Разрешение на залог давал Анатолий Чубайс, возглавлявший тогда Минимущество. Расследование дела продолжается.