30 мая 1991 года близ Хасавюрта (Дагестан) в вагоне поезда Москва--Баку произошел взрыв, погибли 11 человек. Через два месяца, 31 июля, поезд этого же маршрута был подорван около дагестанской станции Темиртау, погибли 16 человек. Теракты не раскрыты. Азербайджан обвинял в них спецслужбы Армении.
1 марта 1993 года на перегоне Гудермес--Грозный взрывом в вагоне поезда Кисловодск--Баку были убиты 13 человек, 12 ранены. Теракт не раскрыт. Чеченские власти обвинили во взрыве российские спецслужбы, а МВД РФ — чеченских бандитов.
13 апреля 1994 года на станции "Дагестанские огни" близ Дербента в вагоне поезда Москва--Баку произошел взрыв. Погибли шесть человек, трое ранены. Теракт не раскрыт.
22 июля 1994 года пассажирский поезд Хабаровск--Москва сошел с рельсов в результате подрыва полотна в Читинской области. 20 человек ранены. Преступление не раскрыто.
25 июля и 12 августа 1996 года в Волгограде дважды происходили взрывы в поездах Астрахань--Волгоград. В первый раз никто не пострадал, во второй — один человек погиб, восемь ранены. Кроме того, 2 августа в таком же поезде, находившемся в отстойнике вокзала Астрахани, обезврежена бомба. Преступления не раскрыты.
27 июля 1998 года на станции Ростов-главная в вагоне, стоявшем на ремонте, сработало взрывное устройство. Один человек погиб, один ранен. Преступление не раскрыто.
3 сентября 2003 года близ Ессентуков под вагоном электропоезда Кисловодск--Минводы сработали два взрывных устройства. 6 человек погибли, 39 ранены. 29 июня 2004 года Ставропольский краевой суд приговорил организатора теракта Ибрагима Исрапилова к 20 годам колонии строгого режима.
20 октября 2003 года у ингушского села Далаково в поезде Назрань--Москва, перевозившем омоновцев Кемеровского ГУВД, под почтовым вагоном сработала бомба. Два человека получили ранения. В 11 м от места взрыва на полотне обнаружено более мощное взрывное устройство, которое по неизвестной причине не сработало. Преступление не раскрыто.
5 декабря 2003 года в электричке Кисловодск--Минводы у Ессентуков взорвался смертник. Погибли 47 человек, ранены 233. Заказчиком теракта считается боевик Шамиль Басаев.
29 мая 2004 года в 30 км от столицы Северной Осетии в результате подрыва полотна сошли с рельсов семь вагонов поезда Москва--Владикавказ. Никто не пострадал. Теракт не раскрыт.