Дисциплинарную комиссию ОАО РЖД возглавил непосредственно президент компании Владимир Якунин, он же подобрал ее состав. В комиссию вошли вице-президенты Георгий Корнилов, курирующий вопросы безопасности компании, включая ее экономическую составляющую, а также задачи в сфере обороны и безопасности государства (он стал заместителем председателя комиссии), Владимир Сазонов, отвечающий за безопасность движения, и Валентин Гапанович, отвечающий за ремонт и эксплуатацию подвижного состава, хозяйства электрификации и энергоснабжения, а также начальник отдела правового департамента ОАО РЖД Ирина Агеева, первый заместитель начальника управления персонала Любовь Васина, председатель российского профсоюза железнодорожников и транспортных строителей Николай Никифоров, председатель центрального совета ветеранов войны и труда железнодорожного транспорта Федор Шулежко, советник президента РЖД Валерий Решетников.