4 ноября 2001 года Генпрокуратура предъявила депутату Госдумы Владимиру Головлеву обвинение в мошенничестве. "Головлеву предъявили обвинение только по одному эпизоду. Когда следователь сочтет необходимым и возможным, он предъявит обвинение в полном объеме",— заявил тогда Владимир Колесников, работавший советником генпрокурора. 16 января 2002 года стало известно, что депутату предъявлено новое обвинение — в получении взятки в особо крупном размере. 21 августа 2002 года Владимир Головлев был убит в Москве.
11 сентября 2002 года замгенпрокурора Владимир Колесников сообщил, что у ведомства есть "очень серьезные вопросы" к главе Самарской области Константину Титову по "делу АвтоВАЗа". 6 ноября 2002 года он уточнил, что следователи усматривают в действиях "гражданина Титова злоупотребление служебным положением". Губернатор несколько раз вызывался на допрос, но обвинение ему не предъявили. 26 апреля 2005 года Самарская губернская дума по предложению президента РФ продлила полномочия господина Титова.
23 октября 2002 года господин Колесников сообщил о предъявлении руководителям компании ЛогоВАЗ Борису Березовскому, Бадри Патаркацишвили и Юлию Дубову обвинения в хищениях в рамках дела АвтоВАЗа: "У меня нет сомнений, что люди, совершившие уголовные преступления, должны быть выданы нашей стране и предстать перед судом". Грузия и Великобритания отклонили запросы Генпрокуратуры о выдаче бизнесменов.
25 марта 2003 года замгенпрокурора предостерег министра культуры Михаила Швыдкого от передачи Германии так называемой балдинской коллекции: "Ответственность может наступить вплоть до уголовной". Коллекция осталась в России.
21 октября 2003 года Владимир Колесников, комментируя дело ЮКОСа и судьбу его руковдителя Михаила Ходорковского, сообщил: "Я лично не хотел бы, чтобы Ходорковский сидел за решеткой... Но не надо жульничать, мошенничать — за все придется отвечать". 25 октября Михаил Ходорковский был задержан в Новосибирске. 12 ноября замгенпрокурора посетовал, что максимальное наказание господину Ходорковскому может составить лишь десять лет лишения свободы: "Больше, к сожалению, дать не можем". 31 мая 2005 года экс-глава ЮКОСа приговорен к девяти годам колонии.
25 ноября 2004 года Владимир Колесников сообщил: "Мы по-прежнему ждем на допрос Юлию Тимошенко, и это все, что я могу пока сказать". Премьер Украины с тех пор ни разу не посетила Россию.
25 ноября 2004 года замгенпрокурора заявил, что считает справедливым приговор физику Валентину Данилову: "Это предупреждение всем остальным — берегите свою страну". 29 июня 2005 года Верховный суд сократил срок до 13 лет.
5 июля 2005 года господин Колесников сообщил: "Генпрокуратура надеется, что Невзлин (совладелец НК ЮКОС Леонид Невзлин.— Ъ) будет выдан правоохранительным органам России для того, чтобы понести справедливое наказание за содеянное". Вскоре после этого Леонид Невзлин приехал из Израиля в США и выступил на заседании Хельсинкской комиссии конгресса.