24 апреля 2003 года подал в отставку начальник УВД Ивановской области Геннадий Панин. Неофициально причиной называли конфликт с губернатором, обострившийся в 2002 году после возбуждения УВД уголовных дел против двух заместителей господина Тихонова — Александра Канаева и Михаила Бабича. В январе 2003 года дело по факту злоупотребления служебным положением завели на самого господина Панина. Впоследствии все дела закрыты.
28 ноября 2003 года Верховный суд лишил регистрации кандидата в депутаты Госдумы по Кинешемскому округу члена КПРФ Валентину Крутову. Губернатор заявил, что истинная причина этого решения — стремление "Единой России" избавиться от сильного конкурента на выборах (единороссов в округе представлял бывший заместитель Владимира Тихонова, помощник главы Минэкономразвития Михаил Бабич). 7 декабря выборы выиграл господин Бабич.
В феврале 2004 года господин Тихонов обвинил ивановское отделение "Единой России" в организации отзыва 19 февраля законодательным собранием области представителя исполнительной власти в Совете федерации Валентина Бакулина.
В марте 2004 года прокуратура возбудила против экс-главы управления капстроительства администрации области Алексея Еманичкина дело о законности финансирования строительства квартиры для Владимира Тихонова. Губернатор снова обвинил в организации скандала "Единую Россию". В ноябре дело закрыто "за отсутствием состава преступления".
В мае 2004 года в отставку подали первый вице-губернатор Ивановской области Александр Канаев, вице-губернатор, глава московского представительства области Владимир Григорьев и руководитель аппарата обладминистрации Александр Боровков. Причиной они назвали нежелание "участвовать в развале области".
3 июля 2004 года в Москве прошли два съезда КПРФ. Участники одного переизбрали председателем ЦК Геннадия Зюганова, делегаты другого избрали новым партийным лидером Владимира Тихонова. Господин Зюганов тут же заявил: "Тихонову звонил Путин. О чем они говорили — неизвестно, но мы единогласно исключили Тихонова из своих рядов". 3 августа Минюст признал альтернативный съезд нелегитимным из-за отсутствия кворума. 11 сентября господин Тихонов учредил и возглавил Всероссийскую коммунистическую партию будущего.
17 сентября 2004 года в интервью "Известиям" Владимир Тихонов раскритиковал инициативу Владимира Путина о назначении глав регионов, заявив: "Фактически это будет способ избавиться от неугодных политических фигур... Я очень опасаюсь другого: поскольку сам президент все равно не будет хорошо знать всех кандидатов, возобладает коррупция". Глава Ивановской области стал одним из немногих региональных лидеров, отважившихся публично критиковать эту реформу.
14 марта 2005 года в Ивановской области начался сбор подписей под обращением к депутатам местного парламента с требованием не допустить переутверждения господина Тихонова на новый срок. Акция была инициирована местными общественными организациями и поддержана отделением "Единой России". Губернатор заявил, что позиция ивановской "Единой России" — это "позиция Михаила Бабича", претендующего на его место.