6 февраля 1996 года за передачу данных о радиационной обстановке на Северном флоте был арестован эксперт объединения Bellona капитан первого ранга в запасе Александр Никитин. 29 декабря 1999 года горсуд Санкт-Петербурга вынес ему оправдательный приговор. Вердикт был обжалован, но 13 сентября 2000 года Верховный суд оставил его в силе.
11 апреля 1996 года за сотрудничество с разведкой Британии арестован второй секретарь департамента Северной Америки МИД России Платон Обухов. 27 июля 2000 года Мосгорсудом он приговорен к 11 годам тюрьмы. Однако 16 января 2001 года Верховный суд по ходатайству адвокатов отменил приговор, а 17 мая 2002 года Обухов признан судом невменяемым и направлен на лечение.
4 февраля 1998 года по подозрению в убийстве в октябре 1994 года журналиста газеты "Московский комсомолец" Дмитрия Холодова задержан бывший начальник разведки ВДВ полковник Павел Поповских, а затем еще шесть подозреваемых. 26 июня 2002 года Московский окружной военный суд оправдал всех "за отсутствием доказательств". Генпрокуратура добилась отмены приговора и начала нового процесса. Однако 10 июня 2004 года суд во второй раз вынес оправдательный приговор.
29 октября 1999 года по запросу Генпрокуратуры в Венгрии арестован председатель совета директоров КрАЗа Анатолий Быков. Он обвинялся в отмывании денег, незаконном хранении оружия, причастности к убийству предпринимателя Олега Губина, организации покушения на бизнесмена Павла Струганова, нарушении правил операций с драгоценными металлами. Часть пунктов обвинения отпала во время следствия. 19 июня 2002 года Мещанский суд Москвы вместо требуемых прокурором 9 лет тюрьмы приговорил Анатолия Быкова к 6,5 года условно.
В январе 2002 года по заявлению ОАО "Газпром" возбуждено дело против президента компании СИБУР Якова Голдовского и его зама Евгения Кощица. Первого обвинили в хищении вверенного имущества, отмывании денег и использовании подложного документа, второго — в соучастии в этих преступлениях. 25 сентября 2002 года Гагаринский суд Москвы признал их виновными только в злоупотреблении служебным положением и приговорил к семи месяцам лишения свободы, которые они уже отбыли в СИЗО.
14 января 2002 года по подозрению в убийстве шестерых мирных чеченцев арестованы капитан спецназа ГРУ Эдуард Ульман, майор Алексей Перелевский, лейтенант Александр Калаганский и прапорщик Владимир Воеводин. 29 апреля 2004 года коллегия присяжных суда СКВО признала их невиновными. 26 августа 2004 года Верховный суд по ходатайству прокуратуры отменил приговор и направил дело на новое рассмотрение. 25 мая 2005 года присяжные вновь оправдали военных.