В марте 2004 года швейцарская прокуратура заблокировала банковские счета Михаила Ходорковского (признан иностранным агентом), Платона Лебедева, Леонида Невзлина и ряда других фигурантов дела ЮКОСа. По просьбе российских властей полиция Швейцарии обыскала офисы нефтяной компании в Цюрихе, Женеве, а также кантонах Фрибур и Швиц.
В декабре 2005 года из Швейцарии в Россию был экстрадирован экс-министр атомной энергетики Евгений Адамов, ранее арестованный по запросу Минюста США. Американская сторона обвиняла его в присвоении $9 млн, выделенных на модернизацию ядерных объектов, а российская — в мошенничестве и превышении полномочий. Спустя полгода он вышел из СИЗО под подписку о невыезде.
В июне 2008 года Швейцария экстрадировала в Россию экс-гендиректора дочерней компании «Совкомфлота» в Великобритании «Фиона Мэритайм Эйдженсис Лимитед» Юрия Привалова, который обвинялся в нанесении государственному предприятию ущерба в $250 млн путем сдачи судов в аренду по заниженным ставкам. Привалов пытался оспорить экстрадицию в ЕСПЧ, но безуспешно.
В апреле 2016 года из доклада тогдашнего генерального прокурора Юрия Чайки стало известно, что по запросу надзорного ведомства в Швейцарии были заблокированы счета по уголовному делу бывших руководителей Банка Москвы Александра Бородина и Дмитрия Акулинина на $361 млн.
В августе 2019 года прокуратура Цюриха арестовала счета бывшего владельца Черкизовского рынка Тельмана Исмаилова в швейцарских банках Compagnie Bancaire Helvetique SA и Corner Banca SA. Уголовное дело было возбуждено по заявлению БМ-банка. Исмаилова подозревали в мошенничестве при банкротстве, сокращении активов в ущерб кредиторам и других экономических преступлениях. В январе 2021-го прокуратура Швейцарии прекратила его уголовное преследование.